La historia tiene lugar en Koudo Ikusei, la escuela de prestigio por excelencia que cuenta con instalaciones de última generación en las que casi el 100% de los alumnos pueden ir a la universidad y encontrar trabajo. En ella los estudiantes tienen la libertad de llevar el peinado que quieran y de traer todos los efectos personales que deseen. Koudo Ikusei es una escuela paradisíaca, pero lo cierto es que sólo los alumnos “superiores” son bien tratados. El protagonista Kiyotaka Ayanokouji pertenece a la Clase-D, aquella en la sólo están los estudiantes “inferiores” que son ridiculizados por el resto de la escuela. Por alguna razón, Kiyotaka se despistó en sus exámenes de ingreso y terminó ahí. Sin embargo, después de conocer a Suzune Horikita y Kikyou Kushida, otros dos estudiantes de su misma clase, la situación de Kiyotaka comienza a cambiar.

"Magia" no es algo de las leyendas ni los cuentos de hadas, se convirtió en tecnología desde hace casi un siglo. El proceso mágico ha sido sistematizado y con ayuda de dispositivo llamado CAD, los procesos pueden ser acelerados significativamente y esto define tu categoría como mago. Shiba Tatsuya es un estudiante del curso 2, es sobresaliente en todas las areas excepto en su desempeño magico, a diferencia de su hermana menor que pertenece al curso 1, Miyuki, que es de los mejores magos en la First High School. Que les espera en esta escuela en la que los estudiantes sobresalientes del curso 1 "Blooms" miran por encima a los estudiantes del curso 3 "Weeds"?.