Año 1926. El Batallón Aéreo de Magos 203 del Ejército Imperial, comandado por la Mayor Tanya von Degurechaff, se alzó con la victoria en la batalla del sur contra la República. Habiendo regresado bañados en gloria y con las mieles del éxito en la boca, esperaban poder descansar un poco, pero el cuartel general les envía nuevas órdenes especiales en el mismo momento en el que ponen un pie en casa. Su nueva misión es investigar los reportes de un despliegue a gran escala en la linde de la frontera entre el Imperio y la Federación. Ante el propspecto de un nuevo enemigo a batir, las llamas de la guerra se avivan en un desesperado Imperio, Mientras tanto, un ejército de voluntarios liderados por los Estados Unificados se adentra en territorio de la Federación. Como suele decirse: los enemigos de mis enemigos, son mis amigos. Pese a tener buenas intenciones, la desgracia recae sobre ellos en favor de los intereses nacionales, y entre ellos hay cierta joven. Es la suboficial Mary Sue, quien se ha alzado en armas para llevar al Imperio ante la justicia por haber asesinado a su padre.

Los chicos sueñan con poder volar algún día por el infinito cielo, aunque son dolorosamente conscientes de cuán lejos está el cielo más allá del cristal que les impide salir volando. En un futuro distante la humanidad ha creado Plantation, una ciudad fortaleza móvil construida sobre las ruinas del mundo y en la que ha florecido la civilización. En la ciudad hay barracones especiales para pilotos llamados Mistilteinn, aunque popularmente se los conoce como "jaulas de pájaros". Allí es donde viven estos chicos... sin saber nada del mundo exterior, sin poder sentir nunca el enorme cielo. Su única misión en la vida siempre fue luchar. Sus enemigos son los misteriosos organismos gigantes conocidos como Kyoryu, a los cuales enfrentan con los robots llamados FRANXX. No saben hacer otra cosa y no se lo plantean, pues creen que este es su propósito único en la vida. entre ellos está un niño al que en su día consideraron un niño prodigio: Código 016, Hiro. Sin embargo, ahora es un fracaso y se lo considera innecesario. Quienes no pueden pilotar un FRANXX es como si no existieran. Un día aparece ante Hiro una chica llamada Zero Two y de su cabeza surgen dos cuernos. "Te encontré, cariño mío"

Nadeshiko es una estudiante de preparatoria que se ha mudado de Shizuoka a Yamanashi y que decide ir a ver el famoso Monte Fuji que aparece en los billetes de mil yenes. Aunque consigue llegar en bicicleta hasta Motosu, se ve obligada a volver atrás debido al mal tiempo. Habiendo sido incapaz de poder ver con sus propios ojos su objetivo, acaba desmayándose. Cuando despierta ya es de noche y está en un sitio que no reconoce y no sabe cómo regresar a casa. Por suerte Nadeshiko se encuentra con Rin, una chica que está acampando ella sola y quien la salva.

La serie gira en torno a una joven chica que lucha en los frentes de una guerra. Tiene el pelo rubio, ojos azules y una piel blanca, casi transparente, y es conocida por moverse como el viento en el campo de batalla. Ella es Tanya Degurechov y se encarga de dirigir al ejército. Solía ser una de las oficiales de élite en Japón, pero debido a la ira de un dios, renació como una niña pequeña. Tanya lo da todo por avanzar en su carrera militar y se convertirá en la hechicera más poderosa del ejército imperial.

Cuenta la historia de un grupo de jóvenes guerreros denominados Santos (o caballeros en varias traducciones), quienes luchan por proteger a la diosa griega Atenea de las fuerzas del mal. Para luchar, los Santos sólo utilizan su energía interior (denominada cosmos), sus puños y armaduras que les sirven de protección y que además están inspiradas en constelaciones o seres de la mitología griega y escandinava.