Esta es una secuela de las series de Naruto, la cual sigue la historia de Boruto el hijo de Naruto. La aldea oculta de la hoja ha continuado su moderinización pero siempre manateniendo la paz. Carros eléctricos recorren toda la ciudad conectada por distritos llenos de rascacielos con enormes monitores mostrando todo tipo de imágenes. En esta era, la aldea oculta de la hoja es ahora una cuidad ninja solo en nombre ya que ahora muchas personas normales han venido a vivir aquí. También el estilo de vida de los ninjas ha cambiado... Boruto, el hijo del séptimo Hokage y el actual lider de la aldea, se ha matriculado en la academia ninja para aprender todo sobre lo que necesita saber en las artes ninjas. Los estudiantes que rodean a Boruto se refieren a él como "el hijo del Hokage", pero Boruto con su peculiar personalidad se hará un nombre por él mismo. Boruto encontrá nuevos amigos y aliados, pero ¿cómo podrá lidear con todos esos misteriorsos incidentes que se le presentarán? Es así como comienza la historia de Boruto Uzumaki.

La historia del manga se desarrolla en una época en la que los “ajin”, informalmente denominados “demi”, han comenzado a ser aceptados en la sociedad humana. Nuestro protagonista es Tetsuo Takahashi, un profesor de Biología que debe dar clases a tres demi con la esperanza de llegar a comprenderlos mejor.

La serie gira en torno a una joven chica que lucha en los frentes de una guerra. Tiene el pelo rubio, ojos azules y una piel blanca, casi transparente, y es conocida por moverse como el viento en el campo de batalla. Ella es Tanya Degurechov y se encarga de dirigir al ejército. Solía ser una de las oficiales de élite en Japón, pero debido a la ira de un dios, renació como una niña pequeña. Tanya lo da todo por avanzar en su carrera militar y se convertirá en la hechicera más poderosa del ejército imperial.

La historia gira en torno a Shoko Nishimiya, una estudiante de primaria que es sorda de nacimiento y que al cambiarse de colegio comienza a recibir acoso escolar por parte de sus nuevos compañeros. Uno de los principales responsables es Ishida Shouya quien termina por forzar que Nishimiya se cambie de escuela. Como resultado de los actos contra Shoko las autoridades del colegio toman cartas en el asunto y el curso señala como único responsable a Ishida, quien comienza a sentir el acoso impuesto por sus propios compañeros, al mismo tiempo que termina aislándose de los que alguna vez fueron sus amigos. Años después, Ishida intenta corregir su mal actuar, buscando la redención frente a Nishimiya.

Después de derrotar a Majin Buu, la vida vuelve a ser tranquila una vez más. Goku vuelve a trabajar otra vez ya que Chichi le ordena que gane dinero, aunque él quiere seguir entrenando. Mientras, Goten, a punto de convertirse en cuñado de Videl, se embarca en un viaje con Trunks para encontrar un regalo para ella.

Kuroki Tomoko es una chica de secundaria muy popular, ademas ha tenido 50 años de experiencia en citas con alrededor de 100 chicos... bueno, eso solo en un mundo virtual llamado Otome. En la vida real, ella es una chica de 15 años que tiene todas las cualidades de una "mojo" (una mujer sombria o impopular). Sin embargo, cuando la escuela no está saliendo como ella esperaba, y no es tan popular como ella pensaba que era, se echa un vistazo a sí misma en el espejo por primera vez en unos cuantos años y tiene algunas revelaciones impactantes...

La historia está protagonizada por Issei Hyoudou, un muchacho de segundo año de instituto bastante salido al que una chica asesina en la primera cita de su vida. Issei se reencarna como demonio, y desde ese mismo día trabaja como sirviente de Riasu, una chica demonio de altísimo nivel que resulta ser la más guapa y popular de todo el instituto.

Pasados dos años y medio de entrenamiento con Jiraiya, Naruto Uzumaki regresa a la aldea oculta de la hoja, donde se reúne con sus viejos amigos y conforma de nuevo el Equipo 7. Debido a la ausencia de Sasuke, aparece un nuevo personaje llamado Sai el cual retoma su lugar. En esta secuela podremos notar como los compañeros de Naruto han madurado con respecto a su desempeño previo, mejorando la mayoría de estos en su nivel. Durante su entrenamiento con Jiraiya, Naruto aprendió a controlar un poco de la chacra del Kyubi. Lo contrario a la serie original, dónde sólo desempeñó un papel secundario, la organización Akatsuki asume el papel antagónico principal en Naruto Shippuden, buscando como objetivo principal el capturar a todos los poderosos monstruos Biju.