Cuando era un niño, Murakami estaba enamorado de una chica que llamó Kuroneko. Ella insistió en saber acerca de los extraterrestres y que se reunió con ellos, pero nadie le creyó, incluso el joven Murakami se mostró escéptico. Un día, ella decide mostrarle a los extraterrestres, hasta que se produce un accidente y muere mientras Kuroneko Murakami se queda gravemente herido en el hospital. Pasan los años y Murakami se obsesiona en la búsqueda de pruebas de la existencia de los extraterrestres debido a una promesa que había hecho con Kuroneko. Entonces, un día, una nueva estudiante llega a su clase, que se parece mucho a Kuroneko, pero su nombre es Kuroha Neko!

La historia gira en torno a Shinichi Kano, un otaku de pura sangre sin ningún talento especial que destaca por su vasto conocimiento y opiniones sobre el moe y por tener a un padre escritor de novelas ligeras y a una madre que realiza eroges. A pesar de todo esto, el gobierno japonés asigna a Shinichi como “evangelista del moe” y lo mandan al Holy Eldant Empire, un mundo paralelo al que se puede entrar a través de un espeso bosque en la zona del monte Fuji. En este mundo de fantasía, donde los dragones surcan los cielos, Shinichi se hace gran amigo de una criada mitad elfa llamada Myuseru y de la hermosa y joven emperatriz Petoraru. A pesar de ocuparse de las amenazas de guerra entre sus diferentes facciones, se preocupa de que él mismo es un invasor (un shinryakusha) de esta maravillosa tierra.