Esta es una secuela de las series de Naruto, la cual sigue la historia de Boruto el hijo de Naruto.
La aldea oculta de la hoja ha continuado su moderinización pero siempre manateniendo la paz. Carros eléctricos recorren toda la ciudad conectada por distritos llenos de rascacielos con enormes monitores mostrando todo tipo de imágenes. En esta era, la aldea oculta de la hoja es ahora una cuidad ninja solo en nombre ya que ahora muchas personas normales han venido a vivir aquí. También el estilo de vida de los ninjas ha cambiado...
Boruto, el hijo del séptimo Hokage y el actual lider de la aldea, se ha matriculado en la academia ninja para aprender todo sobre lo que necesita saber en las artes ninjas. Los estudiantes que rodean a Boruto se refieren a él como "el hijo del Hokage", pero Boruto con su peculiar personalidad se hará un nombre por él mismo.
Boruto encontrá nuevos amigos y aliados, pero ¿cómo podrá lidear con todos esos misteriorsos incidentes que se le presentarán? Es así como comienza la historia de Boruto Uzumaki.
Aoba Suzukaze, una recién graduada en el instituto que suelen confundir con una chica mucho más joven por su aspecto. La historia comienza cuando nuestra protagonista se une como artista a la compañía de videojuegos que desarrolla su título favorito.
En un futuro lejano, la humanidad se enfrenta a una crisis sin precedentes.
En Tetra Heaven, la tierra de leyenda, se conoce la paz después de más de un siglo de guerra. Los dioses que perdieron la batalla buscaron un nuevo lugar donde vivir, y lo encontraron en Septpia, el mundo humano, al que deciden atacar. Los Logicalists que forman parte de ALCA, una agencia policial especial cuya tarea es la de proteger la ciudad de la invasión de los extranjeros, se vieron forzados a defender las ciudades.
Dependiendo de su capacidad, los Logicalists pueden entrar en fase Trance con las deidades del otro mundo, obteniendo así la oportunidad de luchar en el campo de batalla.
Yoshichika Tsurugi es un joven normal y corriente que, tras encontrarse con la diosa Athena después de un ataque enemigo, ve cómo su vida cambia por completo.
La historia se centrará en los Vengadores compuestos por Iron Man, Capitán América, Thor, Hulk, y la avispa. Se unirán fuerzas con Spider-Man y un grupo de adolescentes. Los héroes aprovecharán sus respectivas habilidades de lucha y poderes sobrehumanos para frustrar los planes de Loki para conquistar el mundo
10 años antes de lo eventos de Fate/Stay Night, toma lugar la cuarta Guerra del Santo Grial, Emiya Kiritsugo, aliado con la familia Einzbern, recibe la funda de la espada sagrada e invoca al servant Saber, decidido a eliminar a sus enemigos y alcanzar el Grial.
Kosaka Kyosuke edad 17 años, un estudiante normal de secundaria, no se lleva bien con su hermanana menor, Kirino, en años, hasta donde el recuerda, Kirino siempre le ve con desprecio. Parecia como si la relación entre Kyosuke y su hermana, ahora de 14 años, seguiría así para siempre. Un día, sin embargo, Kyosuke encuentra una caja de DVD de un anime Magical Girls titulado Hoshikuzu Bruja Merle (Stardust Bruja Merle), que había caído en un pasillo de su casa. Para sorpresa de Kyosuke, dentro de la caja esta oculto un Ero-Game (video juego para adulto) titulado imoto a Koishiyo (Let's Fall in Love Little Sister), Kyosuke intenta descubrir el culpable, trayendo el tema del anime durante la cena familiar. Todo lo que sale es una fuerte reacción negativa de sus padres, especialmente su padre un anti-otaku. Esa noche, Kirino irrumpe en la habitación de Kyosuke, en tal vez la primera conversación que ha iniciado con él en años, dice que "tiene cosas de qué hablar"...
Pasados dos años y medio de entrenamiento con Jiraiya, Naruto Uzumaki regresa a la aldea oculta de la hoja, donde se reúne con sus viejos amigos y conforma de nuevo el Equipo 7. Debido a la ausencia de Sasuke, aparece un nuevo personaje llamado Sai el cual retoma su lugar.
En esta secuela podremos notar como los compañeros de Naruto han madurado con respecto a su desempeño previo, mejorando la mayoría de estos en su nivel. Durante su entrenamiento con Jiraiya, Naruto aprendió a controlar un poco de la chacra del Kyubi.
Lo contrario a la serie original, dónde sólo desempeñó un papel secundario, la organización Akatsuki asume el papel antagónico principal en Naruto Shippuden, buscando como objetivo principal el capturar a todos los poderosos monstruos Biju.
Existe un rumor. Hay un foro llamado "Jigoku Tsushin" al cual sólo se puede acceder a media noche. Se dice que si alguien escribe el resentimiento que siente sobre alguien, Jigoku Shoujo aparecerá y se llevará a esa persona al infierno. A lo largo de la serie apar2ecerá en escena un periodista freelance llamado Shibata que anda tras la verdad que encierra esta leyenda urbana
Naruto, un aprendiz de ninja de la Aldea Oculta de Konoha es un chico travieso que desea llegar a ser el Hokage de la aldea para demostrar a todos lo que vale. Lo que descubre al inicio de la historia es que la gente le mira con desconfianza porque en su interior está encerrado el demonio Kyubi que una vez destruyó la aldea, y que el anterior líder de la misma tuvo que encerrar en su cuerpo siendo aún muy pequeño, a coste de su vida. Aunque sus compañeros no saben esto, tampoco le aprecian porque es mal estudiante y siempre está haciendo bromas. Sin embargo, la forma de actuar y la determinación de Naruto demuestran a los demás que puede llegar muy lejos, y el recelo de los otros chicos se va disipando. Naruto y sus compañeros Sakura y Sasuke, junto a su maestro Kakashi tendrán que enfrentarse a una serie de combates y misiones a lo largo de la historia que les permitirán mejorar y crecer. Naruto se vera enfrentado a sus principales enemigos Akatsuki, Itachi y Kisame.