Hace mucho tiempo, los dragones gobernaban un mundo lleno de extrañas criaturas: elfos, enanos, vampiros, homúnculos y humanos. Pero en el presente los dragones han desaparecido, por lo que los seres que sobrevivieron decidieron coexistir y al pasar los años la apariencia de gran parte de las criaturas ha llegado a parecerse a la de los humanos. En el año 2X19 un grupo llamado "Nine" causa caos en su búsqueda por obtener los poderes de los dragones y cambiar el mundo, amenazando el periodo de paz en el que se encuentran. Por ello, la policía crea a la Unidad Especial de Investigación de Delitos – Especial 7 (Tokunana), formada por varios expertos para luchar contra Nine.

Senku es un joven extremadamente inteligente con un gran don para la ciencia y una ácida personalidad, y su mejor amigo es Taiju, que es muy buena persona pero más apto para usar los músculos que para pensar. Cuando tras cierto incidente toda la humanidad acaba convertida en piedra, ellos logran despertarse en un mundo miles de años después, con la civilización humana completamente desaparecida y con toda la humanidad congelada en piedra como ellos estuvieron. Ahora es su obligación rescatar a la gente y crear un nuevo mundo.

La historia gira en torno a Shoko Nishimiya, una estudiante de primaria que es sorda de nacimiento y que al cambiarse de colegio comienza a recibir acoso escolar por parte de sus nuevos compañeros. Uno de los principales responsables es Ishida Shouya quien termina por forzar que Nishimiya se cambie de escuela. Como resultado de los actos contra Shoko las autoridades del colegio toman cartas en el asunto y el curso señala como único responsable a Ishida, quien comienza a sentir el acoso impuesto por sus propios compañeros, al mismo tiempo que termina aislándose de los que alguna vez fueron sus amigos. Años después, Ishida intenta corregir su mal actuar, buscando la redención frente a Nishimiya.

Yoshimori Sumimura, un estudiante, es un kekkaishi por las noches (cazador de demonios); su especialidad es crear una barrera mágica alrededor de su presa. Durante el día, tiene otros demonios que combatir, como su adicción a las golosinas y a su malhumorado abuelo. Tokine Yukimura, de 16 años, vecina y amiga de la infancia de Yoshimori, también es una kekkaishi; sin embargo sus familias están enfrentadas en una disputa para determinar quién es el mejor en ese terreno...