La historia gira en torno a Shoko Nishimiya, una estudiante de primaria que es sorda de nacimiento y que al cambiarse de colegio comienza a recibir acoso escolar por parte de sus nuevos compañeros. Uno de los principales responsables es Ishida Shouya quien termina por forzar que Nishimiya se cambie de escuela. Como resultado de los actos contra Shoko las autoridades del colegio toman cartas en el asunto y el curso señala como único responsable a Ishida, quien comienza a sentir el acoso impuesto por sus propios compañeros, al mismo tiempo que termina aislándose de los que alguna vez fueron sus amigos. Años después, Ishida intenta corregir su mal actuar, buscando la redención frente a Nishimiya.

La historia se centra en un chico llamado Uryû Shingo, quien asiste a una escuela para hombres de la cual es elegido como representante para asistir al Instituto Yuihime con tal de saber si ambas instituciones podrán unirse y forma una mixta. Pero el problema es que a la algunas estudiantes de Yuihime no les agradan los hombres, por lo que Shingo deberá encargarse de hacerles cambiar de opinión.

Tsukune Aono ha suspendido su examen de acceso al instituto medio, y cuando estaba a punto de resignarse y pasar un año sabático su padre encontró un sospechoso sobre con los papeles para ingresar en la Academia Youkai, un instituto construido en un lugar remoto y apartado de la civilización, que resulta ser un lugar de reunión para jóvenes monstruos que aprenderán a 'coexistir' con los humanos. Durante el camino hacia el instituto conoce a Akashiya Moka, una chica preciosa que tentada por la sangre de Tsukune revela su verdadera identidad... también puedes ver la 2da temporada de Rosario + Vampire

Sakai Yuuji, estudiante de secundaria del instituto Misaki, quien llevaba una vida normal, se ve en serios aprietos cuando se ve atrapado en una batalla contra un "Guze no Tomogara", seres devoradores de almas, sin embargo es salvado dramáticamente por una "Neblina de Llama" llamada "La cazadora de ojos y pelo ardientes" que le cambia por completo su vida cuando el chico se entera que ya había muerto? su "yo" ya había sido devorado, que él era una "antorcha", los restos de su alma, y que iba a desaparecer sin dejar rastro. En ese momento entabla una complicada relación con aquella chica a quien él osadamente llamó Shana. Ella se ve obligada a proteger al chico cuando se enteran que éste es un "Mistes", una "antorcha" única que encierra un tesoro en su interior, de ahí comienza una difícil batalla contra los "Guze no Tomogara" por proteger el tesoro que carga Yuuji y la ciudad en la que todos viven de una devastación casi inminente, mientras tanto Shana no sabe como arreglárselas para encajar en la vida del estudiante de secundaria...