Cuando aún era una niña, Kotoko fue secuestrada por un yokai (una criatura que toma características humanas y animales). Estos espíritus la convirtieron en una poderosa intermediaria entre el mundo espiritual y el de los humanos, pero este poder tenía un precio: un ojo y una pierna. Ahora, años más tarde, vigila a los peligrosos yokai y va desarrollando sentimientos por un joven llamado Kuro, quien posee poderes curativos a causa de un incidente con un yokai y a quien le pide que se una al equipo para manejar a los renegados yokai, preservando la delgada línea entre la realidad y lo sobrenatural.

En el año 2043, se lanzó Infinite Dendrogram, el primer VRMMO de inmersión completa y el más exitoso del mundo. Además de su capacidad para simular perfectamente los cinco sentidos, junto con sus muchas otras características sorprendentes, el juego prometió ofrecer a los jugadores un mundo lleno de posibilidades infinitas. Casi dos años después, Reiji Mukudori, estudiante de primer año de la universidad, pronto será capaz de comprar una copia del juego y comenzar a jugar. Con la ayuda de su experimentado hermano mayor, Shu, y su compañero Embryo, Reiji se embarca en una aventura en el mundo de Infinite Dendrogram. ¿Qué descubrirá y encontrará en este mundo de juegos conocido por su increíble realismo y sus infinitas posibilidades?

Es el año 305 en el calendario Alciano, y el mundo está controlado por los números. Cada humano nace con un “Count”, que podría indicar cualquier cosa, desde el número de kilómetros que te suman por caminar o algo tan arbitrario como las veces que otras personas han degustado tu comida. No importa lo que signifique, pero si el “Count” llega a cero… ¡serás mandado al Abyss! Después de que el Count de la madre de Hina llegara a cero, su última petición para Hina fue para que buscara al legendario As.

Tras el evento conocido como The Reflection, personas de todos los puntos del planeta comenzaron a manifestar superpoderes. La gran mayoría se convirtieron en villanos, mientras que unos pocos decidieron ser héroes. ¿Qué fue realmente The Reflection? ¿Qué lo provocó? Entre muchos misterios, el caos comienza a extenderse por el mundo.