La oscuridad no ha terminado. Aunque hace ya un tiempo que se desvaneció la sombra de las últimas batallas de Selectors, Kiyoi Mizushima sabe que hay algo que falla, que hay que poner fin al círculo de desgracias y lamentos que conlleva este oscuro juego, así que buscará ayuda para acabar de una vez por todas con él. Suzuko Homura, Chinatsu Morishita, Hanna Mikage, Ruuko Kominato, Yuzuki Kurebayashi, Hitoe Uemura y Akira Aoi... Las Selectors se reúnen de nuevo para dar comienzo a la que esperan que sea la batalla final.

En un continente gobernado por un caos que trae el desastre, los grandes señores tienen el poder del “Emblema”, un sello sagrado que puede apaciguar el caos y proteger a su pueblo. Sin embargo, antes de que nadie se de cuenta, los gobernantes abandonan su misión de purificar el caos para empezar a luchar entre ellos con el objetivo de hacerse con los demás Emblemas. Nuestra protagonista es Siluca, una maga que se burla de los gobernantes por abandonar su misión, y un caballero errante llamado Theo, que viaja para entrenarse y liberar de la tiranía a su pueblo. Siluca y Theo realizan un pacto por el que deben viajar juntos para reformar el continente.

Desde tiempos antiguos, las sacerdotisas Kannagi han usado sus espadas, las Okatana, para exorcizar a las criaturas llamadas Aratama que extendían el caos en el mundo humano. Estas doncellas eran conocidas como Tojis, y hoy en día son una fuerza especial dentro de la policía. Debido a su estatus de agentes gubernamentales tienen permitido portar su espada consigo, pero la mayoría son estudiantes de secundaria o de preparatoria/instituto que estudian en una de las cinco escuelas especiales para ellas que hay en el país.

El protagonista, Cho Soran, lleva una vida de estudiante muy normal hasta que se ve involucrado en un terrible incidente que ocurre en un pequeño pueblo. Según pasaba por el cementerio, Cho se ve asaltado por unos zombis, y pensando que van a por él, una misteriosa chica con una espada le salva y desaparece de repente. Este extraño encuentro cambiará por completo el destino de nuestro héroe.