En una Inglaterra victoriana imaginaria, Allen Walker es miembro de una misteriosa organización conectada con el Vaticano que intenta erradicar de la faz de la tierra a los Akuma, armas demoníacas capaces de apoderarse del cuerpo de una persona para sembrar el mal adondequiera que vayan.
La historia toma lugar en un mundo donde los monstruos y más criaturas míticas llamadas “liminals” son reales, pero han estado ocultas de la población en general. Pero todo cambia con una nueva ley llamada “Acta de intercambio cultural de inter-especies”, que permitirá a estos seres adentrarse en la sociedad humana. Con la nueva reforma los intercambios estudiantiles y adopciones temporales entre las criaturas míticas y humanos se hacen comunes. La única condición es que ni los humanos lastimen a las a los Liminals, y viceversa.
Tres años tras pasar esta ley, Kimihito Kurusu termina siendo parte del programa de intercambio por accidente, cuando Miia, un Lamia mitad-humano, mitad-serpiente.
La historia gira en torno a las habilidades especiales que un pequeño porcentaje de chicos y chicas en la pubertad desarrollan. Yu Otosaka usa su poder sin que nadie lo sepa y lleva una vida bastante normal, con una vida estudiantil común. Ante él aparece un día una chica llamada Nao Tomori. Debido a su encuentro con ella, el destino de aquellos con poderes especiales quedará al descubierto. Esta es la historia de cómo aquellos con poderes especiales experimentan la juventud.
La historia se centra en el joven Allen Walker, un exorcista, durante un imaginario siglo XIX en Europa. Allen se convierte en miembro de la Orden Negra, una organización religiosa integrada por exorcistas de todo el mundo, la cual está vinculada al Vaticano. La misión de dicha organización es detener al Conde del Milenio, una malvada entidad demoníaca que pretende limpiar el mundo destruyendo a la humanidad, haciendo uso de sus armas llamadas Akuma. Los exorcistas son personas compatibles con la Inocencia, una sustancia divina creada en el pasado. Se dice que hay 109 trozos de Inocencia esparcidos por todo el mundo, una vez que la Inocencia encuentra a su persona compatible, evoluciona en un arma anti-Akuma. Esto se convierte en una carrera entre la Orden Negra y el Conde del milenio y sus aliados por conseguir la Inocencia.
Un joven llamado Genki gana un video juego en una competencia. Cuando lo juega en su casa, es llevado a otro mundo donde habitan amistosamente humanos y monstruos. Estos monstruos nacen o son liberados a partir de discos de piedra, que Genki junto con un chica llamada Holy y sus monstruos amigos buscan para liberar al fénix para que detenga al malvado monstruo Moo, quien trae destrucción a este mundo.
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