La vida de Shiki como el único humano que habita el planeta Granbell, un enorme parque de diversiones controlado por robots, se ve alterada con la llegada de Rebecca y su gato Happy. Tras huir juntos debido a una rebelión de robots, emprenden un viaje interestelar plagado de aventuras para buscar a Mother, una entidad femenina colosal que conoce toda la verdad sobre el poderoso Shiki.

Primera parte de Nekomonogatari: Durante la Golden Week, Tsubasa Hanekawa, una chica de 17 años, ha tenido una experiencia sobrenatural, un encuentro con Nekomata, la tranquilidad que aparenta la representante de la clase, es un contraste de lo que ocurre con la relación actual con su familia, los hechos ocurridos la cual la llevan a enredarse con este ser sobrenatural, Koyomi Araragi se verá envuelto en estos hechos, los cuales con la ayuda de Oshino Meme, y la intervención de Oshino Shinobu, intentaran librar a la representante de la clase de ese ser la cual la ha poseído.

Después de los sucesos ocurridos en Bakemonogatari, para todos llega una época de cambio, sin embargo, eso no implica que las excentricidades dejen de hacer lo suyo. Karen y Tsukihi Araragi, las hermanas de Koyomi, serán quienes se vean involucradas esta vez con extrañas criaturas. Karen será envenenada por una "abeja", mientras que Tsukihi se verá en peligro debido a que es la reencarnación de un fénix. En esta ocasión, varios especialistas en excentricidades se acercarán a ellas para intentar hacerles daño y Araragi y Shinobu deberán protegerlas a toda costa.

Takasu Ryuuji comienza su segundo año de instituto con mucho animo. Sin embargo, hay una cosa que el odia, y es su mirada, heredada de su padre (un ganster), con lo cual posee una habilidad innata para intimidar a los demás, provocándole esto muchos malentendidos con sus compañeros, no obstante, todo esto va cambiar el primer día de clases, cuando Ryuuji tiene un encontronazo con Aisaka Taiga, la persona mas peligrosa del centro.