En el juego, los jugadores sigue la historia de un caballero en entrenamiento que busca resolver el misterio detrás de la muerte de su hermano. En el camino se reencuentra con su amiga de la infancia y sacerdotisa Frey, a la maga Cleo y a su guardaespaldas Roy.

Un cálido día de verano en 1983, el estudiante transferido Maebara Keiichi llega a un pacífico pueblo rural en Hinamizawa. Allí, se hace amigo de sus compañeras de clase Rena, Mion, Rika y Satoko. Aceptado como un miembro oficial del “club”, Keiichi y la pandilla realizan diversas actividades como juegos de cartas y de mesa, así como a las escondidas. Pero justo cuando Keiichi comenzaba a acostumbrarse a la vida en el campo, se encuentra con la oscura historia detrás de Hinamizawa. Mientras Keiichi va desentrañando este oscuro misterio, descubrirá que sus nuevos amigos podrían no ser lo que aparentan.

Después de un accidente de avión durante un viaje escolar, Oribe Mutsumi y sus compañeros de clase quedaron varados en una isla aparentemente desierta. Mutsumi encontró a los otros sobrevivientes y usó sus conocimientos para ayudarlos. Estos esperan a ser rescatados al menos en tres días, lo que no parece ser mucho tiempo. Sin embargo, Mutsumi no tuvo en cuenta el hecho de que la isla está poblada por gigantescos insectos asesinos. Su conocimiento de mariposas, avispas y demás, puede ser lo único que le ayude a que alguno de sus compañeros de clase sobreviva antes de ser rescatados.

Aries Spring está muy emocionada con el primer día del Planet Camp. Ella y ocho desconocidos parten hacia el planeta McPa para una excursión que durará toda la semana, pero poco después de llegar, aparece un orbe que los transporta a las profundidades del espacio donde se ven varados en una nave espacial desconocida.

Unas niñas que viven en una ciudad provincial realizan cierto ritual. Las chicas están en el “Crystal Radio Club”. Es un círculo de interés que Asuka Tsuchimiya, una chica conocida por su alegría, comenzó con amigas en su secundaria. Ese ritual fue considerado solo una leyenda urbana. Sin embargo, con varias condiciones casualmente cayendo en su lugar, deja de ser todo diversión y juegos…

Justicia Akazuka, apodado como Seigi, es un joven habilidoso en las artes marciales. Seigi rescata a un anciano sin hogar de unos matones, como agradecimiento imprime en la palma de la mano de Seigi un misterioso tatuaje en. Sin embargo, no es un tatuaje normal, es un arma especial que da Seigi poderes sobrenaturales, como la deformación del espacio-tiempo. Entonces Seigi conoce a un agente estadounidense llamada Ijii, cuyo deber es recuperar los diferentes tatuajes repartidos por el mundo. Es entonces cuando Seigi decide ayudar a la agente Ijii adentrándose así en una conspiración a escala mundial.

La historia está protagonizada por una liga de figuras literarias con poderes sobrenaturales, como Ryunosuke Akutagawa, que en la vida real escribió varias novelas y en el manga tiene el poder de transformar su capa en una especie de monstruo. Él y sus compañeros escritores se dedicarán a resolver misterios como parte de la “Agencia Armada de Detectives”. Otros autores japoneses que aparecen en la obra son Rampo Edogawa, Kenji Miyazawa, Osamu Dazai, Atsushi Nakajima, Akiko Yoshino, Yukito Ayatsuji(Another),Natsuhiko Kyogoku (Loups-Garous), Agatha Christie o Dan Brown.

Una brecha entre la Tierra y los inframundos se ha abierto sobre la ciudad de Nueva York, atrapando a los neoyorquinos y a criaturas de otras dimensiones en una impenetrable burbuja. Han vivido juntos por años, en un mundo de loca ciencia ficción. Ahora alguien amenaza con destruir la burbuja, y un grupo de súper humanos con estilo está trabajando para evitar que eso suceda.

Diez años después de la Gran Guerra de Tokio, cada prefectura en Japón se ha separado en naciones independientes. Cada nación es regida por un profeta llamado “Mosa” y un ejército llamado “Moh” y empiezan a competir para invadir a los otros países. Cuatro chicas “Moh” del clan de Saitama, Nozomi, Yukina, Ai, y Chiaya, son ordenadas por su “Mosa” a viajar alrededor de Japón en sus motocicletas para mediar múltiples batallas entre naciones y clanes a medida que emergen.

Los estudiantes de la clase 3-E tienen una misión: asesinar a su profesor antes de la graduación. Él ya ha destruido la luna, y prometió destruir la Tierra si no es asesinado dentro de un año. Pero, ¿cómo podrá esta clase de inadaptados asesinar a un pulpo extraterrestre, capaz de alcanzar la velocidad Mach 20, y que quizás ha sido el mejor profesor que han tenido?

La historia está protagonizada por Shinobu Omiya, una chica de quince años japonesa, de apariencia inocente, que pasa un tiempo viviendo en Gran Bretaña. Al volver a Japón echa de menos su época en el extranjero. Un día le llega una carta de Alice, la hija de la familia con la que vivió mientras estuvo en el extranjero, diciéndole que va a ir a Japón. Así la comedia muestra las curiosas vidas de Shinobu, Alice y otras chicas de Japón y Gran Bretaña.

Esta historia es sobre la corriente del destino y la lucha para mantener el mundo en el camino correcto. Aladin es un chico que ha estado explorando el mundo luego de haber estado encerrado en una habitación la mayor parte de su vida. Su mejor amigo es una flauta con un Djinn (Genio) llamado Ugo dentro de ella. En poco tiempo Aladin descubre que es un Magi (mago), y que ha nacido para escoger reyes que sigan un camino justo, y que luchen contra aquellos que quieren destruir el destino. Sigue sus aventuras y conoce a otros personajes de ?Las Mil y Una Noches?, como Alibaba, Sinbad y sus luchas para mantener el equilibrio del mundo.

La historia trata sobre el "delincuente juvenil más fuerte", Oga Tatsumi, quien está en el primer año de la Escuela Ishiyama, la escuela para delincuentes. Pero un día mientras dormía cerca a un río, mira a un hombre flotar en el río, quien de repente se parte en dos, y sale de él un bebé. Este bebé es el hijo del Rey demonio quien fue enviado para destruir la tierra, y Oga fue elegido para criarlo junto con la sirvienta del bebé, Hilda. La historia cuenta la vida de Oga Tatsumi con el niño y la escuela para delincuentes. Aunque la historia realmente empieza cuando él le comienza a contar a su mejor (y único) amigo Furuichi Takayuki cómo encontró al bebe.

A causa de cierto incidente, Tarou Sado parece tener un problema con su cuerpo. Este chico es un completo masoquista (lo que significa que obtiene placer de cantidades extremas de dolor.) en orden de curar su cuerpo,para asi poder confesar su amor "Hime Shihori", se fue al Club de voluntarios del cual habia oido decir ellos cumpliarian cualquier deseo de los estudiantes. Ahi entra en contacto con Mio Isurugi, chica de gran belleza y un "MASIVO" Complejo de Superioridad (Ella cree ser un dios). así como Arashiko Yuuno, Quien parece ser la causa verdadera por la que padece esta "enfermedad"...

La historia trata sobre una academia llamada Ousai, que antes solía ser solo para señoritas pero que recientemente comenzó a aceptar estudiantes de ambos sexos. Sin embargo los varones en esa escuela son solo 28 mientras que hay 524 mujeres. Takatoshi Tsuda es un estudiante que es empujado a convertirse en el vice presidente del consejo de alumnos, en el cual él es el único hombre

Akina, Hime, Kotoha y Ao son cuatro miembros de Hiizumi Seikatsu Soudan Jimusho, una organización que, además de ayudar a los escolares a pasar tiempos difíciles, lucha para mantener la paz de su pequeña ciudad, Sakurashin, cazando a la gente que se atreven a crear problemas que la amenacen.

Todo comienza cuando Naoki Murakami se enamora de Haruka Mizumo, la mejor jugadora de tenis de su instituto. Murakami esta estudiando para entrar en la mejor universidad de Tokio, Tokyo Daigaku, ToDai, para ello el debe de sacar una nota muy alta, que de momento va bien encaminado, pero desde que conoce a Haruka no estudia lo suficiente, es mas se entera que su mejor amigo Sano(compañero tambien del equipo de futbol del instituto), va detras de Haruka, este en un guaperas que no se le resiste ninguna chica. Murakami es un chico muy timido jamas, por lo que le cuesta mucho hablar con la guapisima Haruka, pero debido a que su amigo va detras de ella, se arma de valor y aunque piensa que ella le dira que no, el va y le pide salir, esta al escuchar su proposicion le dice sin pensarlo que si y Murakami al escuchar la afirmacion se queda de piedra, en un momento piensa que esta soñando, pero no la chica que el ama le a correspondido.