Una vez vivió un vampiro conocido como Vanitas, odiado por los de su propia especie por haber nacido bajo una luna llena azul, ya que la mayoría lo hace en la noche de una carmesí. Temeroso y solo, creó el “Libro de Vanitas”, un grimorio maldito que algún día se vengaría de todos los vampiros; así es al menos la historia. Vanitas no Carte sigue a Noé, un joven que viaja a bordo de un dirigible en el París del siglo XIX con un objetivo en mente: encontrar el Libro de Vanitas. Un repentino ataque de vampiros lo lleva a conocer al enigmático Vanitas, un médico que se especializa en vampiros y, para sorpresa de Noé, un humano completamente común. El misterioso doctor ha heredado tanto el nombre como el infame Libro de Vanitas de la leyenda, usando el grimorio para curar a sus pacientes. Pero detrás de su comportamiento amable se esconde algo un poco más siniestro…

La “historia de milagros y amor” gira en torno a Mitsuha y Taki. Mitsuha es una estudiante de secundaria que vive en un pueblo rural situado en las montañas. Su padre es el alcalde y no pasa mucho por casa, ella vive con su hermana pequeña estudiante de primaria y su abuela. Mitsuha tiene una personalidad honesta, pero a ella no le gustan las costumbres del santuario sintoísta de su familia, ni ella ni su padre participan en una campaña electoral. Ella se lamenta de que vive confinada en un pueblo rural y anhela el maravilloso estilo de vida de Tokio. Taki es un estudiante de secundaria que vive en el centro de Tokio. Él pasa su tiempo junto a sus amigos, trabajando a tiempo parcial en un restaurante italiano y está interesado en la arquitectura y las bellas artes. Un día, Mitsuha tiene un sueño en el que ella tiene el cuerpo de un hombre joven. Taki también tiene un sueño parecido y en el que él es una estudiante de secundaria en un pueblo en las montañas en él que nunca ha estado. ¿Cuál es el secreto de sus sueños?

Ginko, el personaje principal, es un experto en Mushi. Él es un maestro de Mushi, que viaja para investigar y conocer más a estos seres. En el camino, ayudará a gente que tiene problemas con ciertos sucesos paranormales relacionados con los Mushi. Ginko toma generalmente, a modo de pago, objetos relacionados con los casos de Mushi que ha resuelto. Estos objetos son luego vendidos a coleccionistas. La historia se desenvuelve entre la era Edo, la era del aislamiento y del Japón feudal. Pero Ginko tiene una ropa diferente a la de todos los personajes en la serie, mucho más moderna.

Después de la muerte de sus padres, Akito Himenokouji y su joven hermana gemela Akiko fueron adoptados por familias distintas. Seis años más tarde, que ahora viven por su cuenta, bajo el mismo techo. Akiko no hace ningún esfuerzo para ocultar su complejo de hermano. Ella incluso va tan lejos como tratando de convencer a su hermano para hacer su primera noche juntos una experiencia memorable, fue en vano. Akito calma rechaza muchos avances de su hermana y considera que amar a su hermana de sangre relacionados con el imposible. Sin embargo, Akiko está decidido a demostrar que el amor puede superar cualquier obstáculo.

Ryougi Shiki, un adolescente que tras despertar de un coma de dos años, producto de un accidente de tránsito, descubre que posee el increíble don de ver la muerte en todo ser vivo debido a los chokushi no magan, unos ojos capaces de percibir la muerte de todas las cosas. Pero siente haber perdido algo a cambio de ese poder. Todo niño nacido en la familia Ryougi (ya que por lo general nacen siempre varones) son entrenados en diversas disciplinas para que logren dividir su personalidad y así formar una clan de seres humanos superiores. Así, todo miembro de la familia posee una personalidad masculina y otra femenina, las cuales utilizan según la ocasión que se les presenta. Luego de despertar, Shiki siente que su personalidad masculina ha muerto en él, lo que le lleva a sustituir la muerte espiritual de esa personalidad por el tono masculino que poseerá en toda la historia. Un mundo tenebroso, donde el cuchillo de Shiki atraerá los reflejos de muchos misterios...

La humanidad es obligada a vivir bajo la superficie pasando asi muchos siglos, llegando a olvidarse y convirtiendo en una leyenda la vida en la superficie. Asi se crean pequeñas colonias excavando por distintos lugares y tratando de escapar de los terribles terremotos. En una de esas colonias vive Simon, uno de los mejores excavadores, que en unos de los agujeros encuentra una extraña llave en forma de torno. Si bien todos se mofan de Simon por ser muy raro y de poca autoestima, el único que lo respalda siempre es Kamina quien lo invita a ir hacia la superficie. Por supuesto el Jefe de la colonia prohibe esta acción que se supone que es tabú para la gente y encierra a Kamina. En una excavación nocturna, Simon encuentra esta vez un mecha en forma de cara y corre hacia Kamina para mostrárselo, pero de repente un enorme robot con forma de cara cae desde la superficie y al igual una misteriosa chica que lo ataca con su rifle. Simon, Kamina y la chica (Yoko) tratan de escapar y Simon los conduce a su descubrimiento, ahi le dice a Kamina que lo maneje para derrotar al robot sin embargo, Kamina le responde que esa mecha le pertenece y por lo tanto él debería manejarlo... entre idas y vueltas los 3 entran en la cabeza y ante un impulso de Kamina junto con la ayuda de Yoko, Simon logra de algún modo derrotar a la enorme cara; no solo eso sino que son explusado hacia la superficie...Alli Simon y Kamina descubre un maraviloso mundo para ellos pero también se encuentra con la sorpresa de que en la superficie un grupo de Ganmen (Mechas con forma de cara) que atacan a los humanos que suben a la superficie

Una organización llamada Chronos gobierna en las sombras a gran parte de los políticos y las actividades económicas en busca del orden. Sus miembros asesinan sin piedad a todo lo que vaya mal o se oponga a ellos. La historia comienza cuando Train, conocido como Black Cat, uno de los asesinos más poderosos de la organización conoce a una extraña mujer que siempre viste un kimono llamativo y ablanda su corazón. Entonces decide no volver a recibir órdenes de nadie ni matar sin motivo y abandona la organización siendo perseguido por esta. Entonces conoce a Sven un caza-recompensas muy peculiar y comienzan a trabajar como caza-recompensas junto a él y a la niña que este cuida, una misteriosa niña con poderes sobrenaturales basados en la nanotecnología y creada artificialmente.