En un mundo cubierto de arena, un joven llamado Chakuro vive en la enorme nave conocida como Ballena de Barro que viaja por el mar de arena. Chakuro y sus amigos nunca han conocido a nadie del mundo exterior, y pasan sus días soñando con cómo sería saber más de él. Un día se encuentran con una isla a la deriva en cuyo interior Chakuro conoce a una chica.

En la historia que se cuenta en el juego, el personaje principal es transportado en el tiempo a la era Sengoku, donde tuvo la oportunidad de reunirse con algunas figuras históricas como Oda Nobunaga, Date Masamune y Sanada Yukimura.

En un futuro distante, tecnológicamente avanzado, Tylor es un misterioso joven sin un propósito en la vida, con un estado mental que es difícil de determinar y con facilidad para escapar de situaciones cercanas a la muerte con una actitud infantil. Ni siquiera se da cuenta cuando está en peligro. Tylor tropieza a su manera en la armada del espacio, y pronto gana la orden de un destructor, el Soyokaze (Brisa), para asombro de su teniente, Yamamoto. Resulta mucho para la consternación de Yamamoto, que este barco se considera la vergüenza del ejército, a donde van todos los tipos de personajes que no deberían estar en una nave espacial (Yamamoto y Yuriko Estrella parecen ser los únicos reclutas a bordo que son mentalmente aptos). Sin embargo, gracias al liderazgo excéntrico de Tylor, estos inadaptados llegan a ser finalmente los salvadores colectivos de la humanidad.

Se sitúa en Kyoto, donde conviven los tanuki, los tengu y los humanos. La historia sigue a la familia Shimogano, una familia de tanukis que vive en el bosque Tadasu no Mori del Templo Shimogamo.