Ha pasado un siglo desde que la magia, magia real, verdadera, material de leyendas; ha vuelto al mundo. Es primavera, la temporada de nuevos comienzos, y una nueva clase de estudiantes está a punto de comenzar sus estudios en la Primera Preparatoria de la Academia Nacional de Magia, apodada también como la Primera Preparatoria Mágica.

Nos presenta una IA ultra avanzada que supera a la inteligencia humana, lo que lleva a la creación de seres artificiales que ni siquiera sabemos bien cómo funcionan. Lacia es una hIE, un ser artificial en forma de preciosa chica con la que se encuentra Arato Endo, un joven de 17 años.

Es el año 2205, en donde los historiadores alternos están atacando el pasado para cambiar la historia. El sabio Saniwa tiene la misión de proteger la historia, y para esto ha juntado a los tipos de Tsukumogami más fuertes (objetos inanimados habitados por espíritus) llamados Touken Danshi (Guerreros espadachines).

Shiki es un joven cuya vida está rodeada en misterio. Tras vivir 8 años con sus tíos se le permite regresar a la mansión familiar, justo después de la muerte de su padre. Con la mudanza comienza a recordar su infancia, dándose cuenta que su vida era diferente de la que creía, además su vida cambia aún más cuando conoce Arcueid, una vampiresa con la cual tiene un peculiar primer encuentro. Junto a ella, sin que le quede opción, tiene que ayudarla en su cacería nocturna por eliminar a una raza de vampiros malignos.