En un futuro lejano, ha nacido una nueva forma de vida bautizada como ‘houseki’ (“gemas”). Las 28 houseki, con diferentes cometidos como guerrero o médico, deben luchar contra los ‘tsukijin’ (“gente de la Luna”), que tienen como objetivo convertirlas en objetos decorativos. A pesar de su deseo de combatir a los tsukijin, Phos es una houseki sin ocupación hasta que Kongo, el jefe de las muchachas, le encarga editar una revista sobre historia natural.
En esta obra, un enorme sistema de cuevas llamado el “Abismo” es el único lugar inexplorado del mundo. Extrañas y poderosas criaturas residen en sus profundidades, junto a preciadas reliquias que los humanos son incapaces de producir. Los misterios del Abismo fascinan a los humanos y estos bajan a sus profundidades. Los aventureros que se adentran en él son conocidos como “Cave Raiders”. Una joven huérfana llamada Rico vive en el pueblo Osu en el filo del Abismo. Su sueño es convertirse en una “Cave Raider”, como su madre, y solventar los misterios del sistema de cuevas. Un día, Rico comienza a explorar las cuevas y descubre un robot con aspecto de un chico humano.
Anna no tiene ningún amigo, ni siquiera en su barrio, hasta que conoce a Marnie en medio de los médanos. Sin embargo, Marnie guarda muchos misterios.
Según cuentan los libros de historia, el 13 de Septiembre del 2000, un enorme meteorito chocó contra la Antártida, causando el derretimiento del Polo Sur y la consecuente inundación y destrucción de todas las ciudades costeras. A este evento crucial se lo denomino Segundo Impacto -El primero fue el que destruyó a los dinosaurios-. La Tierra atravesó luego de ello un estado de crisis y catástrofes naturales y más de mitad de la población humana murió. Han pasado 15 años desde el Segundo Impacto cuando Tokyo-3, es atacada por un misterioso ser orgánico gigante, sin embargo esto no parece ser una sorpresa para un selecto grupo de gente de una organización de la ONU llamada NERV. Ellos se refieren al enemigo como "Tercer Ángel" y han desarrollado unos enigmáticos robots gigantes llamados EVA con una particularidad, solo pueden ser piloteados por jóvenes de 14 años con caracteristicas no del todo claras.