Después de ise de Kaido con la promesa de reunirse con ellos en el torneo Koshien, Goro regresa a su ciudad natal, con intención de unirse a sus antiguos amigos. Sólo que esta vez, las cosas no son como el esperaba.

Es la secuela de Digimon Adventure, han pasado tres años desde que volvieron desde el digiworld cuando T.K. y Kari son llevados de vuelta junto a otros tres nuevos niños elegidos, que consiguen sus digimon cada uno. Despues, consiguen los llamados digieggs que les permite digievoluciones especiales y se enfrentan al emperador un niño elegido que intenta apoderarse de todo el digimundo.

Siete niños disfrutan de sus vacaciones de verano en un campamento, cuando de repente, se ven envueltos en un misterios mundo: El Mundo Digital. Un mundo paralelo al suyo formado a partir de datos digitales. Allí conocen a sus compañeros los digimon, y juntos tendrán que solucionar los extraños sucesos que aterran la Isla File, provocados por Devimon. Pero tal vez no sea esa el único motivo por el que aparecieron en aquél misterioso mundo, tendrán que afrontarse a más de una aventura para descubrirlo y volver a su mundo original.