Después de despertarse de un largo sueño criogénico, el estudiante de secundaria Akira Himegami se encuentra en un mundo que ya no reconoce. La ciudad está en ruinas debido a la guerra, la sociedad ahora está gobernada por una organización llamada OWEL, y el matrimonio tradicional ha sido reemplazado por un nuevo sistema conocido como "Elsie". Mientras Akira lucha por comprender este futuro drásticamente cambiado, una figura familiar aparece ante él: Yuugure, que guarda un fuerte parecido con su novia Towasa. Para su sorpresa, Yuugure sonríe suavemente y propone: "Akira... por favor cásate conmigo." Confundido por su repentina propuesta, Akira acepta viajar con Yuugure, aferrándose a la esperanza de que en algún lugar de este mundo, la verdadera Towasa todavía esté viva. A lo largo de su viaje, encuentran las formas cambiantes del amor en esta nueva era y reflexionan sobre lo que realmente significa su vínculo.

Año 1926. El Batallón Aéreo de Magos 203 del Ejército Imperial, comandado por la Mayor Tanya von Degurechaff, se alzó con la victoria en la batalla del sur contra la República. Habiendo regresado bañados en gloria y con las mieles del éxito en la boca, esperaban poder descansar un poco, pero el cuartel general les envía nuevas órdenes especiales en el mismo momento en el que ponen un pie en casa. Su nueva misión es investigar los reportes de un despliegue a gran escala en la linde de la frontera entre el Imperio y la Federación. Ante el propspecto de un nuevo enemigo a batir, las llamas de la guerra se avivan en un desesperado Imperio, Mientras tanto, un ejército de voluntarios liderados por los Estados Unificados se adentra en territorio de la Federación. Como suele decirse: los enemigos de mis enemigos, son mis amigos. Pese a tener buenas intenciones, la desgracia recae sobre ellos en favor de los intereses nacionales, y entre ellos hay cierta joven. Es la suboficial Mary Sue, quien se ha alzado en armas para llevar al Imperio ante la justicia por haber asesinado a su padre.

Ichiro Inuyashiki es un hombre de 58 años, con una vida bastante rutinaria, empleado de oficina y una familia que prácticamente le desprecia. Un día, tras un chequeo médico, descubre que tiene cáncer terminal y que le queda poco tiempo de vida. Por si fuera poco, de camino a casa… ¡Una nave extraterrestre aterriza encima de él! Al despertar, Inuyashiki ya no es el mismo: ha sido reconstruido como una máquina de matar. Pero un nuevo cuerpo conlleva una gran responsabilidad: ¿se convertirá Inuyashiki en un héroe o quizás en la peor pesadilla de la humanidad?

Buntaro es un estudiante que quiere ser algo, pero no consigue decidirse por qué. Un día una compañera de clase llamada Sayuki anuncia que va a trabajar en un juego bishojo, y quiere que Buntaro se una a su equipo porque escribió en su momento un buen guión para el club de teatro. El principal problema es que Buntaro no tiene ni idea de juegos bishojo.

Cuando Fuuka se encuentra en su segundo año de la escuela media, la pubertad llama a su puerta aportando a su cuerpo de gran altura y un generoso busto. Debido a su peinado que solo le revela un de sus dos ojo, sus compañeros la llaman "Saipu", abreviatura de cíclope. Fuka siente un gran afecto por su hermano mayor, desde pequeña tenía decidido que quería casarse con él. Ahora todo ha cambiado, ambos han crecido y han dejado su infancia y recuerdos de cuando eran pequeños. Ella ha decidido que es lo suficientemente adulta para seguir adelante y olvidarse de con sus promesas infantiles.

aro Hanaukyo es huérfano, tras morir su madre se decide a emprender el viaje hasta la casa de su abuelo, que resulta ser una enorme mansión, repleta de criadas. Al llegar allí le informan de que su abuelo le ha dejado la propiedad incluido el servicio, y Taro se ve de la noche a la mañana rodeado de hermosas mujeres dispuestas a cumplir sus deseos en realidad... también se encuentra con cientos de responsabilidades que dan encargarse de una casa tan grande.

Los Zoids son maquinas-bestias usadas normalmente para transporte y especialmente para la guerra. Algunos tipos de Zoids, conocidos como Organoides, son Zoids en miniatura y a su vez son organismos vivos. Esos Organoides tienen la capacidad de fusionarse con los Zoids normales y hacerlos mas poderosos. Van (Ban) Freiheit descubre un Organodie en un laboratorio abandonado mientras huye de dos Zoids. También hay en el laboratorio un tubo con una extraña chica en animación suspendida. Él rompe el tubo y se lleva consigo a ambos, la chica y el Organoide. Cerca de la salida encuentran un Zoids estropeado y sucio, el Organoide se fusiona con el y repara los daños. Mientras escapan Van llama al Organoide Zeke y dedice ser su amigo. La chica, que se llama Fiona, quiere encontrar un lugar llamado Zoids Eve y asi Van, Zeke y Fiona comienzan su aventura.