Una puerta hacia otra dimensión se ha abierto, y desde ella emergen gigantescas e invencibles criaturas que amenazan a toda la humanidad. ¡La única defensa de la Tierra es un misterioso grupo de guerreros que han cooptado la tecnología alienígena para poder luchar contra ellos!
Kaito Kuroba, un estudiante adolescente normal cuyo padre está a menudo ausente. Cuando su padre muere bajo circunstancias desconocidas, él descubre la identidad secreta de este; un famoso criminal internacional conocido como Criminal Internacional 1412: el Ladrón Fantasma, y que fue asesinado por una misteriosa organización al rechazar ayudarlos en la obtención de la “Gema Pandora”; una piedra mística que se dice que derrama una “lágrima” durante el paso de un cometa en particular (a menudo llamado “Cometa Volea”), y el consumo de ellas otorga la inmortalidad.
Él jura prevenir que la organización obtenga la inmortalidad, asumiendo la identidad de su padre y así comienza su búsqueda de la gema. Sus únicas pistas al respecto de la ubicación de esta son: que emite un brillo de color rojo bajo la luna llena y que es doble; una gema escondida dentro de otra más grande. El protagonista investiga y roba famosas y preciosas gemas con raros orígenes de lugares con defensas increíblemente preparadas, y siempre las devuelve luego de la luna llena más cercana.
Haruka ha pasado sus días como estudiante de escuela secundaria con los brazos cruzados. Un día, Haruka se encuentra con Rin, un viejo amigo suyo en la escuela primaria y este se asombra por la habilidad como nadador de Rin. Con el fin de superarle, Haruka funda un club de natación con sus amigos.
Hace treinta años un extraño fenómeno llamado “Terremoto espacial” devastó el centro de Eurasia, llevándose consigo la vida de al menos 150 millones de personas. Desde entonces, pequeños terremotos espaciales se han ido manifestando alrededor del mundo.
Shido Itsuka, un estudiante de secundaria aparentemente normal se encuentra con una chica en el epicentro de un terremoto espacial y es informado por su hermana Kotori que esta chica es uno de los espíritus que causan los terremotos espaciales cuando estos aparecen en el mundo.
También se entera que su hermana es la capitana de la nave Ratatoskr y quien lo recluta para hacer uso de su misteriosa habilidad para sellar los poderes de los espíritus y evitar que se vuelvan una amenaza para la humanidad. Sin embargo, hay un inconveniente: para sellar un Espíritu, debe hacer que se enamore de él.
La historia sigue a Tōya Fujii, un estudiante universitario, y su relación con su interés romántico la cantante Yuki Morikawa la cual es una idolo que se esta haciendo famosa, así como sus interacciones con la senpai de Yuki, Rina Ogata. La historia prosigue, mostrando como las vidas de Tōya y de Yuki se enfretan a los ojos de los demas.
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