En 1972 se descubría un portal espacial en la superficie de la Luna con el que la humanidad entró en contacto con seres de Marte… lo que llevó a una guerra.
1999: El Imperio Bars finalmente declara la guerra a la Alianza Terrestre. Durante la fiera lucha, la hypergate perdía el control, destrozando la Luna. Han pasado 15 años desde entonces.
La historia se centra en dos hermanos, Edward Elric y Alphonse Elric que rompieron el mayor tabú de la alquimia, la trasmutación humana al tratar de revivir a su fallecida madre; en consecuencia Edward pierde su pierna izquierda y Alphonse pierde todo su cuerpo, Edward para salvar a su hermano sella su alma en una gran armadura de hierro a cambio de su brazo derecho; ahora los dos con un nuevo objetivo buscan desesperadamente la piedra filosofal para poder regresar sus cuerpos a la normalidad...
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