Esta comedia romántica gira en torno a la vida de varios estudiantes aficionados a los videojuegos. Entre ellos está Keita Amano, un joven solitario que adora los juegos; Karen Tendou, la bella presidenta del club de videojuegos; Chiaki Hoshinomori, que constantemente se está peleando con Keita; y Tasuku Uehara, que finge estar satisfecho con su vida en el mundo real, pero que en el fondo adora los videojuegos.

Durante un viaje escolar, el niño prodigio Sorata Suzuhara se aleja de sus compañeros al escuchar una misteriosa canción y se desmaya. Cuando se despierta, se encuentra en un sitio desconocido y se topa con una chica que le dice que está en el Japón de inicios de siglo. Para ayudarle a volver a casa, Sorata la sigue hasta un barco que está esperando y cuando aparece, Sorata se da cuenta de que no es un simple barco de madera, sino que es una nave voladora que tiene una tecnología que va más allá de lo que Sorata podría imaginar. Pero lo más extraño es que allí hay otros 12 pasajeros, 3 mujeres jóvenes y 9 hombres, que se supone que son espers que tienen poderes especiales, y están en una especie de viaje por petición de una multinacional conocida como El Mundo.

En un mundo gótico de fantasía, esta es la historia de Teito Klein, un huérfano que se convierte en el mejor estudiante de una escuela militar, y que por cosas del destino termina siendo perseguido por el Imperio Barsburg. Mientras escapa toma refugio en una iglesia donde descubre muchos misterios sobre él, la iglesia y el Imperio mismo. El hecho de que puede estar conectado con el Rey derrocado y la mística roca de dios "El ojo de Mikhael". Afortunadamente la iglesia esta bajo la proteccion de los miticos 7 Ghost ¿Pero qué son en realidad estos Ghosts