Es el año 2036, un desastre nuclear ha destrozado Tokio y lo ha convertido en un lugar inhabitable por culpa de la radiación. Las fuerzas de autodefensa japonesas crean una unidad especial llamada Coppelion formada por tres chicas que, gracias a la ingeniería genética, son inmunes a la radiación. Las chicas partirán hacia Tokio para comprobar en qué estado se encuentra la antigua capital y localizar una misteriosa señal de radio que han recibido desde la zona.

Una vez, había un grupo de amigos de la niñez. Sin embargo, una vez que entraron en el instituto, ellos se distanciaron el uno del otro. Estos son: Jintan - el "hikikomori". Anaru - Ella solo quiere andar con sus novias. Yukiatsu y Tsuruko - Estos dos son apropiados estudiantes yendo a la escuela. Bobo - Más que entrar al instituto, él había optado para hacer algunos viajes. Anma - el que que cambia constantemente de grupo. Un día, Anma encuentra Jintan y le pide realizar su deseo. Para esto, los compañeros largo tiempo separados se juntan una vez más.

La historia trata sobre el "delincuente juvenil más fuerte", Oga Tatsumi, quien está en el primer año de la Escuela Ishiyama, la escuela para delincuentes. Pero un día mientras dormía cerca a un río, mira a un hombre flotar en el río, quien de repente se parte en dos, y sale de él un bebé. Este bebé es el hijo del Rey demonio quien fue enviado para destruir la tierra, y Oga fue elegido para criarlo junto con la sirvienta del bebé, Hilda. La historia cuenta la vida de Oga Tatsumi con el niño y la escuela para delincuentes. Aunque la historia realmente empieza cuando él le comienza a contar a su mejor (y único) amigo Furuichi Takayuki cómo encontró al bebe.

Satsuki perdió a su hermana que se suicidó, y ha vivido una vida deprimente desde entonces. Un día, es transportado a un mundo extraño "Red Night" (Noche Roja) junto con su amiga Minase Yuka. Para poder sobrevivir y escapar de Red Night, él peleará contra los Dark Spirits (Espíritus Oscuros) [Ralva] y Black Knights (Caballeros Negros).

Kenji Masaki, un muchacho de 15 años, es invocado a un mundo llamado Gemiar, el cual es un lugar en donde han existido peleas interminables contra replicas de armas llamadas Seikishi (humanoides), encontrados en antiguas ruinas.