Un protagonista anónimo encuentra un día un diario en un hospital que pertenece a su compañera de clase Sakura Yamauchi. En él descubre que la chica padece una enfermedad terminal en el páncreas y que le quedan pocos meses de vida. Sakura explica que el protagonista es la única persona ajena a su familia que conoce su condición y este le promete guardar su secreto. A pesar de que sus personalidades son totalmente opuestas, el protagonista decide pasar junto a Sakura sus últimos meses de vida.

Cuando Hina-chan se enamora de Koyuki Ayase en la escuela, su falta de valor hace que él se gradúe y vaya a preparatoria sin saber sus sentimientos. Pero cuando llega el momento de escoger, Hina decide que irá a la preparatoria de su antiguo senpai para declararle su amor.

La historia gira en torno a Shoko Nishimiya, una estudiante de primaria que es sorda de nacimiento y que al cambiarse de colegio comienza a recibir acoso escolar por parte de sus nuevos compañeros. Uno de los principales responsables es Ishida Shouya quien termina por forzar que Nishimiya se cambie de escuela. Como resultado de los actos contra Shoko las autoridades del colegio toman cartas en el asunto y el curso señala como único responsable a Ishida, quien comienza a sentir el acoso impuesto por sus propios compañeros, al mismo tiempo que termina aislándose de los que alguna vez fueron sus amigos. Años después, Ishida intenta corregir su mal actuar, buscando la redención frente a Nishimiya.

Riki Naoe, un huérfano que pasó los días de su juventud junto a sus cuatro mejores amigos, formando el grupo de los Little Busters!, que se pasaban el día gamberreando y jugando. El líder del grupo es Kyousuke Natsume, un hombre capaz de convertir cada tarea de la vida en una misión a vida o muerte. A éste lo sigue su hermana Rin, una amante de los gatos y muy tímida al relacionarse con otras chicas, Masato, un cabezahueca fan de los músculus, Kengo, el punto de seriedad del grupo, y el propio Riki. Ahora, los Little Busters! se han hecho mayores y todos están en segundo de bachiller, menos Kyousuke, que está en tercero, y para aprovechar sus últimos días de juventud juntos dedicen montar un club de béisbol.