Nos situamos en una realidad alternativa, donde el Imperio de Britania ha conquistado prácticamente todo el planeta. A los países subyugados bajo su poder opresor les ha arrebatado la libertad, los derechos e incluso el nombre. Área 11, ésa es la denominación que ahora tienen los japoneses. Allí, un joven llamado Lelouch comenzará su rebelión, el día en que por casualidad se topa con la misteriosa C.C., quien le concede un poder peculiar: El Geass, el poder de la absoluta obediencia. Basta con cruzar su mirada con la de su objetivo para que éste cumpla cualquier orden que Lelouch realice, sea cual sea, aunque signifique su propia destrucción.

Los aliens han destruido nuestras bases en marte. Han exterminado nuestra flota de naves y ahora, tan solo queda una nave ante la total aniquilación de la Tierra. Disgustados por la incompetencia militar de la Tierra, el fabricante de armas NERGAL construye su propia nave de combate, pero de bido a la poca cantidad de soldados entrenados han tenido que juntar a la tripulación mas poco ortodoxa que ha sido puesta en órbita. Pero antes de que puedan emprender la acción contra los invasores jovian, el equipo debe ganar su primera batalla contra su propia especie ya que los militares de la tierra intentan por todos los medios hacerse con el control de Nadesico.