Rachel es una chica de 13 años que se despierta en el sótano de un edificio abandonada. No recuerda nada sobre quién es, ni sabe qué está haciendo allí, con lo que comienza a vagar por el edificio dando tumbos mientras intenta comprender qué sucede. Es entonces cuando se encuentra con un hombre cubierto de vendas que dice llamarse Zack y que porta una guadaña.
Entre ambos se formará un extraño vínculo que se fortalecerá mediante una serie de igualmente extrañas promesas.
Ninguno de los dos sabe qué destino les aguarda en dicho edificio abandonado, pero trabajarán juntos para encontrar una salida…
La historia gira en torno a Shoko Nishimiya, una estudiante de primaria que es sorda de nacimiento y que al cambiarse de colegio comienza a recibir acoso escolar por parte de sus nuevos compañeros. Uno de los principales responsables es Ishida Shouya quien termina por forzar que Nishimiya se cambie de escuela.
Como resultado de los actos contra Shoko las autoridades del colegio toman cartas en el asunto y el curso señala como único responsable a Ishida, quien comienza a sentir el acoso impuesto por sus propios compañeros, al mismo tiempo que termina aislándose de los que alguna vez fueron sus amigos.
Años después, Ishida intenta corregir su mal actuar, buscando la redención frente a Nishimiya.
La Academia Mihama, en la superficie, es un cerrado ambiente de aprendizaje establecido para nutrir a estudiantes que se encuentran en conflicto con el mundo que los rodea; en la actualidad, es una “huerta” y prisión construida para preservar el fruto que ha caído lejos de su árbol.
Sea cuáles sean las circunstancias detrás de su establecimiento, la Academia Mihama es el actual hogar para cinco estudiantes femeninas, todas con sus propias razones para su matrícula. Para bien o para mal, cada chica ha desarrollado una rutina predeterminada por su situación; la vida se mueve lentamente, pero a un apropiado ritmo dentro de las paredes de Mihama.
Con la llegada del primer estudiante varón a la academia, el casi absurdamente inexpresivo Kazami Yuuji, las estudiantes de Mihama comienzan a perder el ritmo de sus rutinas. ¿Probará Yuuji ser el elemento que las chicas necesitaban para hacerse cargo de sus vidas una vez más, o será el peso de sus pasados una pendiente muy empinada para superar?
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