La trama se produce en un instituto dirigido a la fuerza por la presidenta del consejo de estudiantes Satsuki Kiryuuin. Todo cambiará cuando Ryuuko Matoi, una estudiante de transferencia que empuña una gran espada con forma de tijera “Basami”, comience a provocar un levantamiento en el campus.

La historia comienza con Jonathan Joestar, que vive con su padre George en Inglaterra con un nivel económico alto. Otro chico Dio Brando es adoptado por ellos dos ya que George creía que su padre Dario Brando les había salvado la vida. Jonathan trata de ser amigo de Dio, pero el plan de Dio es llevar a JoJo a la locura y ganar la confianza de George para conventirse en el heredero de la fortuna Joestar. Para lograrlo Dio golpea a Jonathan, besa a su novia Erina y quema a su perro Danny, y al mismo tiempo se gana la confianza de George con sus buenos modales, pero eso es solo el comienzo todo se complica cuando DIO se cruza con la "mascara del demonio" y su odio por jojo deja de ser un asunto de dinero. La Historia sigue con todos los susesores de Jonathan Joestar(JoJo), hijos, nietos que comparten sus ideales

Nos situamos en una realidad alternativa, donde el Imperio de Britania ha conquistado prácticamente todo el planeta. A los países subyugados bajo su poder opresor les ha arrebatado la libertad, los derechos e incluso el nombre. Área 11, ésa es la denominación que ahora tienen los japoneses. Allí, un joven llamado Lelouch comenzará su rebelión, el día en que por casualidad se topa con la misteriosa C.C., quien le concede un poder peculiar: El Geass, el poder de la absoluta obediencia. Basta con cruzar su mirada con la de su objetivo para que éste cumpla cualquier orden que Lelouch realice, sea cual sea, aunque signifique su propia destrucción.