A raíz de la destrucción de una guerra mundial, la ciudad Olympus se ha convertido en el centro de control del mundo. Dirigido por Bioroides (seres humanos clonados a partir solo de los mejores ADN), este se defiende de los terroristas con las fuerzas militares especiales. Entre estos se encuentran la ex miembro de SWAT del LAPD Deunan Knotts y su compañero cyborg: Brialeos. Se enfrentan a un desafío del Frente de Liberación Humano y sus terroristas los Argonautas.

El protagonista de la serie es Kimihiro Watanuki, un estudiante de instituto que está constantemente asediado por monstruos, fantasmas y espíritus que se sienten atraídos mágicamente hacia él. Estos monstruos son invisibles para las personas sin poderes, por lo que los demás lo tachan de extraño o loco cuando es asediado por los espíritus. Todo cambia cuando entra en una tienda en la que venden deseos. La tienda pertenece a la atractiva Yūko Ichihara,una poderosa bruja del Japón actual. Ofrece a Watanuki la posibilidad de que deje de ver los fantasmas y criaturas si paga un precio de igual valor que la energía que ella requiere para realizar dicha labor. Watanuki al vivir solo, pues sus padres murieron en un accidente muchos años atrás, no tiene dinero,pero Yuko le ofrece encargarse de las labores domésticas de la tienda así como del ocasional trabajo extra, hasta haber trabajado lo suficiente para concederle su deseo.

Guinko ,el personaje principal, es una de esas personas que conoce a los Mushi ,que no son ni plantas ni animales; son distintos a otras formas de vida como los microorganismos y hongos. Por su efímera naturaleza, su existencia y apariencia son desconocidas para la mayoría excepto para un número limitado de humanos que poseen la habilidad de verlos e interactuar con ellos. El es un amo de Mushi (Mushi master, ??, mushi-shi), que viaja para investigar y conocer más a estos seres. En el camino, ayudará a gente que tiene problemas con ciertos sucesos paranormales relacionados con los Mushi.

Del siglo XXII, un niño llamado Ikki Tenrio, con su amigo Medabee que participan en Robottallas. Se trata sobre las peleas de un robot contra otro. Ikki y sus amigos debe enfrentar varios obstaculos como detener los planes de la Pandilla de RubberRobo.