Durante una guerra ficticia llamada de Hong Kong Crusade, una vieja sangre vampiro, Jiro Mochizuki, alias Silver Blade Gintō?), Luchó y derrotó al rey de Kowloon y la mayoría de los niños de Kowloon. Diez años más tarde, los jefes Jiro a Japón con su hermano pequeño, Kotaro, con la esperanza de llegar a la Zona Especial, una próspera ciudad secreta donde viven los vampiros. Pronto se dan cuenta de que un plan para infiltrarse en la zona especial se está rayada por los niños sobrevivientes de Kowloon. Ya que viajar a la zona especial, Jiro encuentros enemigos del pasado y las nuevas amenazas que pueden poner en peligro la seguridad de la Zona Especial. El secuestro de Kotaro, por uno de los niños de Kowloon, ejes él aún más en la batalla.

El protagonista de la serie es Kimihiro Watanuki, un estudiante de instituto que está constantemente asediado por monstruos, fantasmas y espíritus que se sienten atraídos mágicamente hacia él. Estos monstruos son invisibles para las personas sin poderes, por lo que los demás lo tachan de extraño o loco cuando es asediado por los espíritus. Todo cambia cuando entra en una tienda en la que venden deseos. La tienda pertenece a la atractiva Yūko Ichihara,una poderosa bruja del Japón actual. Ofrece a Watanuki la posibilidad de que deje de ver los fantasmas y criaturas si paga un precio de igual valor que la energía que ella requiere para realizar dicha labor. Watanuki al vivir solo, pues sus padres murieron en un accidente muchos años atrás, no tiene dinero,pero Yuko le ofrece encargarse de las labores domésticas de la tienda así como del ocasional trabajo extra, hasta haber trabajado lo suficiente para concederle su deseo.

Guinko ,el personaje principal, es una de esas personas que conoce a los Mushi ,que no son ni plantas ni animales; son distintos a otras formas de vida como los microorganismos y hongos. Por su efímera naturaleza, su existencia y apariencia son desconocidas para la mayoría excepto para un número limitado de humanos que poseen la habilidad de verlos e interactuar con ellos. El es un amo de Mushi (Mushi master, ??, mushi-shi), que viaja para investigar y conocer más a estos seres. En el camino, ayudará a gente que tiene problemas con ciertos sucesos paranormales relacionados con los Mushi.

Fuu, una chica de 15 años, trabajaba en una casa de té hasta que ésta fue destruida tras una violenta pelea a tres bandas entre Mugen, el vagabundo, Jin, el samurai negro, y los guardaespaldas del hijo del Daikan de ese pueblo. Al final del combate Mugen y Jin son arrestados para ser ejecutados al día siguiente. Fuu intenta hacer un trato con estos dos individuos, les ayudará a escapar si a cambio ellos la ayudan a encontrar al samurai que huele como los girasoles. Aunque las cosas no son tan fáciles ya que Mugen y Jin están siempre intentando acabar el uno con el otro.

La historia empieza cuando Manta Oyamada, un estudiante de secundaria, que pasa por el cementerio local porque se le hace tarde, y divisa a un joven misterioso que simplemente observa las estrellas. Yoh Asakura le invita a quedarse con él y sus amigos a verlos, Manta huye asustado a ver que los amigos eran fantasmas. Manta le cuenta a sus "amigos" lo ocurrido y ellos no le creen. Después, Yoh decidió ser amigo de Manta, a pesar de que al principio Manta le tenia miedo a Yoh.

Del siglo XXII, un niño llamado Ikki Tenrio, con su amigo Medabee que participan en Robottallas. Se trata sobre las peleas de un robot contra otro. Ikki y sus amigos debe enfrentar varios obstaculos como detener los planes de la Pandilla de RubberRobo.