Grisaia: Phantom Trigger se lleva a cabo después de la trilogía de Grisaia, y presenta un grupo completamente nuevo de heroínas, así como un nuevo protagonista. La historia sigue a una clase de estudiantes de la Academia Mihama, que ha sido convertida por la organización antiterrorista CIRS en una «escuela de capacitación especializada» para una nueva generación de operativos.
La historia nos presenta a Takezo, el último miembro del club de koto, un instrumento tradicional japonés. Si no logra encontrar nuevos miembros para el club, este desaparecerá. Un día, estando a solas en la sala del club, aparece un estudiante asegurando que quiere formar parte del club. Este estudiante es Chika Kudo, un delincuente que atemoriza incluso a los peores delincuentes de otras escuelas.
La historia se desarrolla en la ciudad de Nagasaki, en un mundo en el que una cantidad minúscula de magia aún permanece dentro de la vida cotidiana de la población. Hitomi Tsukishiro es una chica de 17 años descendiente de una familia de brujas que creció en un ambiente tanto emocionante como depresivo, ya que perdió la capacidad de ver colores a una edad muy temprana. Sintiéndose mal por el futuro de su nieta, Kohaku, una gran bruja, envía a Hitomi al pasado, específicamente al año 2018. Ahí, deberá encontrar a su abuela de 17 años y su club de hechicería de preparatoria, mientras el espectador seguirá el crecimiento de Hitomi como persona.
La amiga de la infancia de Kouchi Sanada, Mao Mizusawa, ha regresado después de vivir en Francia por un por de años. El esta sorprendido por que se en terado que los padres de de ella siguen ene el extranjero y sus padres han acepto que Mao se que con ellos. Aunque el siempre a pensado en ella como una simple amiga, el ahora tiene que lidear con los sentimientos que ha deserrodado hace ella, tanto como por los que tiene por la chica de sus sueños, Yumi Hoshino.
Takemoto Takeru, un chico normal de instituto, encuentra durante una entrega a domicilio en moto para su trabajo una extraña luz. Cuando para y busca en los alrededores, encuentra a una chica llamada Hikari saliendo de un luminoso capullo. Takeru se enamora a primera vista, pero de pronto un monstruo aparece y ataca a la chica. Esta es la descripción de los excitantes días de la misteriosa chica Hikari, de Akari, del amigo de la infancia de Takeru, Nishino Mari, y de sus compañeros de clase, los cuales intervienen en la historia. Parecen días normales, pero para Hikari, son simplemente maravillosos.
La acción tiene lugar en los últimos años de la década de 1920, en Estados Unidos, y cuenta la historia de Rosette Christopher, una joven que, con el objetivo de encontrar a su hermano desaparecido Joshua, ingresa en la Orden de Magdalena, organización vinculada a la Iglesia Católica que se dedica a investigar y erradicar presencias demoníacas en el mundo de los humanos, propiciadas por el caos que vive el mundo tras la Gran Guerra.
Marte, año 2179, durante el proceso de adaptación terrestre. El Planeta Rojo alberga un mundo cuyos habitantes viven entre androides muy desarrollados. Cuando el detective Ross Sylibus llega al puerto espacial procedente de Chicago, se ve envuelto en un asesinato. La victima es la popular cantante Kelly McCannon. Ross descubre algo sorprendente: el cadáver no es humano, sino un "Tercero", un androide de última generación mucho mas avanzado que los "Segundos", los utilizados normalmente en el planeta. Armitage, una joven de 19 años, es la investigadora más rebelde del Departamento de Policía marciano. Mantiene una actitud distante, viste de forma muy llamativa y esconde un peligroso secreto... Ross debera unirse a Armitage con el fin de perseguir al asesino Rene D'anclaude, un terrorista decidido a destruir a los "Terceros" uno a uno. Armitage III: Poly-Matrix es una compilación de la serie de OVAS de cuatro episodios doblada en Inglés que se realizo en Estados Unidos (el diálogo en japonés no está disponible).