El lazo de los tres hermanos - (La milagrosa reunión y la resolución heredada) repasará la infancia de los tres hermanos Luffy, Ace y Sabo y también cómo llegó hasta el reino de Dressrosa y su reunión con Luffy desde su punto de vista, una escena que no se muestra en el manga original.
Este especial de dos horas será una historia original que se desarrollará tras la batalla del arco de Marineford.
Estará centrado en los dos años de entrenamiento en los cuales la tripulación de Luffy deberá descifrar el código "3D2Y" de su capitán y Luffy recibe entrenamiento especial por parte de Rayleigh.
Este especial va aparte de los cuatro especiales de televisión consecutivos que se empezaron a emitir el 2 de diciembre y que estarán enlazados al argumento de la película One Piece Film Z. La historia se situará poco antes de los eventos de One Piece Film Z y muestra un incidente grave en la ?Hand Island? durante el arco de New World. La historia se sitúa en ?Cannon Town?, donde un padre y su hijo trabajan como artesanos. El incidente tendrá algo que ver con ellos y un comodoro de la base de la marina. El especial también tendrá un flashback a la historia del primer capítulo del manga.
Existe un mundo después de la muerte, en donde las almas de las personas cuya vida fue injusta, tienen una segunda oportunidad de alcanzar la paz, y así volver a nacer. Pero la verdad es que nadie sabe muy bien como funciona este lugar donde no existen las enfermedades y no se puede morir (al menos de la forma que nosotros entendemos como muerte). Debido a la confusión se crean 2 bandos en conflicto: el Shinda Sekai Sensen (SSS), que lucha contra las intenciones de Dios por la vida injusta que les designó; y el bando formado por Tenshi (Ángel), cuyo único interés es que las demás personas se realicen y puedan renacer. En este mundo aparece nuestro protagonista, Otonashi, quien sin recuerdos de su vida anterior, se embarca en una aventura donde forja amistades profundas. Poco a poco recobra su memoria y ayuda a resolver los dilemas de las personas en este mundo.
Pasados dos años y medio de entrenamiento con Jiraiya, Naruto Uzumaki regresa a la aldea oculta de la hoja, donde se reúne con sus viejos amigos y conforma de nuevo el Equipo 7. Debido a la ausencia de Sasuke, aparece un nuevo personaje llamado Sai el cual retoma su lugar.
En esta secuela podremos notar como los compañeros de Naruto han madurado con respecto a su desempeño previo, mejorando la mayoría de estos en su nivel. Durante su entrenamiento con Jiraiya, Naruto aprendió a controlar un poco de la chacra del Kyubi.
Lo contrario a la serie original, dónde sólo desempeñó un papel secundario, la organización Akatsuki asume el papel antagónico principal en Naruto Shippuden, buscando como objetivo principal el capturar a todos los poderosos monstruos Biju.
Naruto, un aprendiz de ninja de la Aldea Oculta de Konoha es un chico travieso que desea llegar a ser el Hokage de la aldea para demostrar a todos lo que vale. Lo que descubre al inicio de la historia es que la gente le mira con desconfianza porque en su interior está encerrado el demonio Kyubi que una vez destruyó la aldea, y que el anterior líder de la misma tuvo que encerrar en su cuerpo siendo aún muy pequeño, a coste de su vida. Aunque sus compañeros no saben esto, tampoco le aprecian porque es mal estudiante y siempre está haciendo bromas. Sin embargo, la forma de actuar y la determinación de Naruto demuestran a los demás que puede llegar muy lejos, y el recelo de los otros chicos se va disipando. Naruto y sus compañeros Sakura y Sasuke, junto a su maestro Kakashi tendrán que enfrentarse a una serie de combates y misiones a lo largo de la historia que les permitirán mejorar y crecer. Naruto se vera enfrentado a sus principales enemigos Akatsuki, Itachi y Kisame.
Hinako Nakayama es una chica huérfana que un día se reúne con su hermano gemelo, Hikaru, quien le pide que ella lo sustituya en la Academia Shishiku haciéndose pasar por él. Hikaru es hijo de una poderosa familia de Yakuza, los Onigashima, y como tal, se espera que sea un hombre duro y se convierta en el líder de los beligerantes alumnos de la Academia Shishiku. Hinako tendrá que ocultar su verdadera identidad, fingir ser su hermano y pelear para llegar a lo más alto de la pirámide de poder de la Academia.
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