La historia tiene como protagonista a una familia en la que ambos padres son unos científicos locos, donde tanto el hermano como la hermana son humanos modificados llamados “criaturas”. Los miembros de esta peculiar familia pretenden convertirse en una familia “normal”.
Hakata es el hogar de los profesionales del bajo mundo: asesinos, detectives, chivatos, vengadores profesionales, especialistas en tortura y mucho más. Según cuenta una leyenda urbana, en la ciudad incluso hay un asesino de asesinos. Entre estas historias tiene lugar el asesinato de un asesino profesional.
Estamos en el año 2015 CE, donde la Organización de Seguridad Chaldea se ha fundado para preservar la existencia de la historia humana. Observaban un mundo que la traumaturgia no podía controlar, y que la ciencia no podía medir por completo, para así evitar la extinción segura de la humanidad. Pero en el futuro visto por Chaldea, la humanidad se extingue sin remedio en 2017.
La causa parece estar en Fuyuki, un pequeño pueblo de Japón, y concretamente en el año 2004. Allí aparece una región no observable que no había existido jamás antes de aparecer. Chaldea supone que Fuyuki es la razón por la que la humanidad está condenada, así que envía a explorar, investigar y destruir el Santo Grial si es necesario a la Gran Order.
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