La historia se centra en un estudiante novato de instituto llamado Subaru Hasegawa que se une al equipo de baloncesto, aunque este se cierra cuando el capitán es acusado de lolicon. Subaru acaba entrenando un equipo de baloncesto de chicas de primaria con cinco niñas pequeñas.
Subaru Hasegawa es una chica que en el instituto juega en el equipo femenino de baloncesto, deporte que le apasiona, pero por problemas con el cápitan, el cual se supone que es un lolicon, acaba dejando el equipo. Como no está dispuesta a renunciar a su pasión por el baloncesto, decide entrenar a un equipo femenino de primaria.
Se trata de una de esas comedias refrescantes que se desarrollan en un puesto de trabajo, donde la historia gira en torno a Takahashi, quien acaba de conseguir trabajo en un restaurante familiar llamado Wagnaria. Los empleados no son precisamente lo que uno consideraría "normales", si tenemos en cuenta que una de las camareras lleva una katana colgada del delantal o que uno de los camareros está obsesionado con las cosas monas.
La serie tiene lugar en Tokio después de que un terremoto de magnitud 8.0 en la escala de Richter sacuda la ciudad; Como resultado de ello, la torre de Tokio, el puente arcoiris y otros lugares característicos han sido destruidos. Seguirá la historia de los hermanos Onozawa, Mirai y Yuuki, que en aquél momento se encontraban visitando una exposición sobre robots en Odaiba con motivo de sus vacaciones de verano, y cómo luchan por llegar a su casa en Setagaya, donde se encuentra su madre. Ésta ha sido atendida por su parte por una chica llamada Mari Kusakabe.
La historia se centra en Ayase Yuko y Nogizaka Haruka. Yuto es bastante ordinario, mientras que Haruka es atractiva, inteligente y rica, lo que hace que otros estudiantes la sigan y admiren, tanto que hasta le ponen apodos franceses como ?Nuit Étoile? [La Estrella Plateada De La Noche] y ?Lumière du Clavier? [La Brillante Princesa en el Piano]. Un día, Yuko va a la librería de la escuela para devolver algo, cuando se topa accidentalmente con Haruka, descubriendo en el acto, el secreto más oscuro de ella: es una hardcore fan del anime y manga. Posterior a eso le promete guardar su secreto, y se vuelve en su consejero y confidente, por lo que empieza a salir más con ella, yendo a su casa constantemente y acompañándola a Akihabara.
Un joven que viaja a Tokyo para ingresar a un instituto queda prendado por una chica que esta practicando el salto alto. Para su sorpresa resulta ser su vecina.
La historia se desarrolla en una universidad de Japón y tiene un ritmo bastante acelerado. Cada capítulo muestra una situación distinta(casi siempre en la habitacion del club). En Japón,que no en españa, son muy populares los clubes universitarios o de la secundaria. Son personas que se agrupan según sus intereses y desarrollan distintas actividades centradas en su mayor interés. Son subvencionados por la institución, tienen departamentos propios y demás. Al principio, Sasahara y Kosaka se integran a Genshiken y poco a poco, el primero, se va integrando en el mudillo otaku y convirtiendose en uno mas de grupo, incluso critica a los que van con chica o visten "guay" . Básicamente, la forma de la cultura otaku más fuerte es el Doujinshi, que es una especie de manga erótico hecho por otakus.
En el siglo XX una encarnizada lucha entre humanos y monstruos supuso la victoria de los segundos sobre los primeros. Sin embargo, a ojos de los humanos es como si no hubiera sucedido nada, ignorantes de su destino. Sólo algunos guerreros elegidos como el joven Bokka son capaces de luchar contra ellos y de escuchar a "Melodía del Olvido", una princesa secuestrada por las hordas enemigas, única salvación para la humanidad. La misión para rescatarla se convertirá en una increíble aventura.