La historia gira en torno a Harutora, un chico descendiente de una de las ramas de la familia Tsuchimikado, especialista en la práctica de artes ocultas del Onmyodo. Las raíces de Harutora no le sirven de mucho, pues pese a todo es incapaz de ver la energía espiritual y por ello carece de poder alguno, siendo un muchacho corriente. Natsume, una chica que fue amiga de la infancia de Harutora y es la próxima cabeza de familia de los Tsuchimikado se reúne un día con él y le cambia la vida.
La historia gira en torno a la constante guerra que ocurre en un mundo paralelo, conocido como Gameindustri, donde cuatro diosas gobiernan sobre sus países, tratando de proteger su respectivo "share", la fuente de su poder. Sin embargo, temerosas de que el conflicto comience a mermar sus poderes, las diosas junto a sus jóvenes hermanas, firman un tratado de paz con el fin de proteger su mundo, así como a sus "share".
El buque de guerra más Tecnológico de Japón, el Mirai, zarpa del puerto de Yokosuka, escoltado por otros tres navíos hacia su primer ejercicio de pruebas con la Marina Estadounidense. De repente, aparece una tormenta en mitad del océano Pacífico que atrapa a los tres barcos y transporta al Mirai al 4 de Junio de 1942 víspera de la batalla de Midway. Ahora su tripulación deberá decidir si deben o no cambiar el curso de la historia involucrándose en la 2ª Guerra Mundial.
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