El narrador y protagonista de la historia, a quien las personas lo llaman con distintos sobrenombres como “Ii-chan”, “Ii-kun” e “Ii-tan”, pero cuyo verdadero nombre se desconoce, se ve arrastrado hacia el centro de todo, encontrándose con diferentes asesinatos y misterios a pesar de su afán de mantenerse al margen de la historia. A pesar de que parece que dicho protagonista contribuye mucho, al final termina enterándose que cualquier cosa que haya hecho resultó siendo inútil.

Senou Natsuru es un estudiante normal de secundaria. Sin embargo, ha sido elegido para ser un Kampfer, cuyo objetivo es luchar contra otros Kampfers con armas, espadas o magia, pero hay una condición, primero; no se puede elegir si se es o no un Kampfer, y segundo; tienes que tener el cuerpo de una chica para usar tus poderes.

Pasados dos años y medio de entrenamiento con Jiraiya, Naruto Uzumaki regresa a la aldea oculta de la hoja, donde se reúne con sus viejos amigos y conforma de nuevo el Equipo 7. Debido a la ausencia de Sasuke, aparece un nuevo personaje llamado Sai el cual retoma su lugar. En esta secuela podremos notar como los compañeros de Naruto han madurado con respecto a su desempeño previo, mejorando la mayoría de estos en su nivel. Durante su entrenamiento con Jiraiya, Naruto aprendió a controlar un poco de la chacra del Kyubi. Lo contrario a la serie original, dónde sólo desempeñó un papel secundario, la organización Akatsuki asume el papel antagónico principal en Naruto Shippuden, buscando como objetivo principal el capturar a todos los poderosos monstruos Biju.