La historia gira en torno a Shoko Nishimiya, una estudiante de primaria que es sorda de nacimiento y que al cambiarse de colegio comienza a recibir acoso escolar por parte de sus nuevos compañeros. Uno de los principales responsables es Ishida Shouya quien termina por forzar que Nishimiya se cambie de escuela. Como resultado de los actos contra Shoko las autoridades del colegio toman cartas en el asunto y el curso señala como único responsable a Ishida, quien comienza a sentir el acoso impuesto por sus propios compañeros, al mismo tiempo que termina aislándose de los que alguna vez fueron sus amigos. Años después, Ishida intenta corregir su mal actuar, buscando la redención frente a Nishimiya.

En un futuro distante,la alianza galáctica humana ha estado constantemente luchando para su supervivencia contra unos seres llamados "Hidiaasu". Durante una intensa batalla, el joven teniente Redo y su arma móvil humanoide son tragados por una distorsión del espacio y del tiempo en el planeta Tierra. En este planeta inundado por los mares, las personas viven en flotas de gigantes buques. Redo llega a uno de las flotas llamada Gargantia. Sin ningún conocimiento acerca de este planeta, historia o cultura, el es forzado a vivir junto a Amy, quien sirve como mensajera abordo de Gargantia, y le ayudara a adaptarse a una vida pacifica.