La película es secuela de la serie de televisión, después de que Kuroko y Kagami pasan a ser estudiantes de segundo año. Un equipo americano de baloncesto callejero (“street basket”) llamado Jabberwock, viaja a Japón para jugar un partido amistoso con un equipo japonés, pero tras una apabullante derrota del equipo local, los miembros del Jabberwock se mofan del baloncesto japonés. Esto causa el enfado del padre de Riko, que decidirá reunir al equipo titular de la Generación de los Milagros más Kuroko y Kagami. El equipo se llamará Vorpal Swords, y tendrá que encargarse de realizar un partido de revancha contra Jabberwock.

Cuando Hina-chan se enamora de Koyuki Ayase en la escuela, su falta de valor hace que él se gradúe y vaya a preparatoria sin saber sus sentimientos. Pero cuando llega el momento de escoger, Hina decide que irá a la preparatoria de su antiguo senpai para declararle su amor.

La historia gira en torno a Shoko Nishimiya, una estudiante de primaria que es sorda de nacimiento y que al cambiarse de colegio comienza a recibir acoso escolar por parte de sus nuevos compañeros. Uno de los principales responsables es Ishida Shouya quien termina por forzar que Nishimiya se cambie de escuela. Como resultado de los actos contra Shoko las autoridades del colegio toman cartas en el asunto y el curso señala como único responsable a Ishida, quien comienza a sentir el acoso impuesto por sus propios compañeros, al mismo tiempo que termina aislándose de los que alguna vez fueron sus amigos. Años después, Ishida intenta corregir su mal actuar, buscando la redención frente a Nishimiya.

La historia se sitúa en un Japón de dentro de mil años. Cinco niños (Saki la protagonista, Satoru, Maria, Mamoru y Shun) han nacido y se han criado en un tranquilo pueblo del cual se podría decir que es una utopía, con agua abundante y verdes zonas. El mundo de esa época está gobernado por aquellos con el ?poder maldito?, también conocido como ?el poder de los dioses?: la telequinesis. Tras cierto incidente, Saki y los otros acaban descubriendo la verdadera naturaleza del mundo en que viven. Entonces se dedican a estudiar toda la historia de la humanidad para descubrir cómo ha llegado hasta ese punto. Los cinco se embarcarán en una arriesgada aventura para luchar por proteger a sus amigos en un mundo al borde del colapso.

Basado en una novela de Kyougoku Natsuhiko,La historia sigue una serie de bizarros asesinatos de unas estudiantes adolescentes que fueron desmembradas y escondidas en cajas. El investigador privado que contratan por la desaparición de la hija de una mujer se une con un antiguo vendedor de libros y otros para parar esta serie de asesinatos.