La historia de Gintama nos sitúa en un Japón sometido por unas criaturas alienígenas conocidas como Amantos. Gracias a estos el país goza de avances tecnológicos desmedidos, pero a la vez la especie humana ha sido desprendida de la autoridad de velar sobre su propio planeta. Para evitar revuelas bélicas se ha prohibido por completo el uso y porte de espadas en cualquier circunstancia por parte de los terrícolas,pero aun así en esta nueva era hay personas que se mantienen fieles a sus creencias y convicciones antañas como es el caso del protagonista, Gintoki. Gin, junto con otros dos igualmente estrambóticos personajes crean una tienda conocida como la Yorozuya, en donde se dedican a realizar cualquier tipo de trabajo que se les presente, pero al final rara vez logran obtener algo de dinero decente y tienen problemas incluso para pagar el alquiler del piso.

Wataru Yoshizumi (mangaka conocida por sus mangas Marmalade Boy, Mint no Bokura, Kimishika no Iranai, ...) está de enhorabuena al ver adaptado al anime otro de sus mangas, en este caso, Ultramaniac. Ayu es una estudiante de secundaria, guapa y buena en tenis. Su amiga Nina es una inexperta brujita que con un ordenador hace “magias” que a veces no surten el efecto deseado... Ayu está enamorada de Kaji, un guapo chico del instituto. Éste siempre está en compañía de su amigo Tsiuji. Estos cuatro adolescentes forman el elenco principal del shoujo en el que poco a poco se irán incorporando más personajes.

Higuchi Kotarô vive junto a su padre en un apartamento de Tokio. Una mañana, cuando se dispone a ir al colegio, se encuentra con una chica vestida muy rara y que parece demasiado animada. Asustado, sale corriendo huyendo de ella. Cuando vuelve del colegio, descubre que esa chica, Misha, es su nueva vecina y que quiere cuidar de él. Intrigado por una chica tan rara, le pregunta que por qué hace todas esas cosas. La respuesta es que Misha es un aprendiz de Ángel que ha venido a la Tierra para realizar su entrenamiento.