En Fujisawa, donde los cielos son brillantes y los mares brillan, Sakuta Azusagawa está en su segundo año de secundaria. Sus días felices con su novia y estudiante de último año, Mai Sakurajima, se ven interrumpidos con la aparición de su primer enamoramiento, Shouko Makinohara. Por razones desconocidas, se encuentra con dos Shouko: uno en la escuela secundaria y otro que se ha convertido en un adulto. Cuando Sakuta se encuentra impotente viviendo con los Shouko, el adulto Shouko lo lleva por la nariz, causando una gran grieta en su relación con Mai. En medio de todo esto, descubre que la escuela secundaria Shouko sufre una enfermedad grave y su cicatriz comienza a palpitar ...

El protagonista de esta historia, Yuu Haruna, un chico al que le encanta usar Twitter, acaba de mudarse a la ciudad con sus hermanas después de que sus padres se marchasen al extranjero por motivos de trabajo. Una noche, mientras sale a comprar la cena, se topa con una misteriosa chica, llamada Fuuka Akitsuki, la cual le rompe su teléfono creyendo que iba a fotografiarle su ropa interior. Así da inicio un encuentro que cambiará sus vidas.

La historia sigue a Saya Kisaragi como alumna de segundo curso del Instituto Privado Sanabara, donde lleva una vida normal y difruta de su diario vivir.Sin embargo,su padre le encomienda la misión como heredera del templo Ukishima de acabar con los "furukimonos"(Ancianos) usando la espada Mikami(Espada de los dioses) para preservar la paz en su instituto y proteger a la ciudad del peligro de estos seres.A lo largo de sus encuentros con estos seres, descubrirá variados secretos que hará cuestionarse lo enigmáticos que son hasta encontrar alguna verdad,pero...el destino le aguardará muchas sorpresas a Saya.