«Hanako-san, Hanako-san… ¿estás ahí?» En la Academia Kamome, abundan los rumores sobre los llamados Siete Misterios de la escuela, uno de los cuales es Hanako-san. Se dice que si utilizas el tercer puesto del baño de mujeres del tercer piso en el viejo edificio de la escuela, Hanako-san te concederá cualquier deseo una vez la invoques. Nene Yashiro, una chica de preparatoria y estudiante de la Academia amante del ocultismo, se aventura a este baño encantado… ¡pero el Hanako-san que todos creían no tiene nada que ver con lo que imaginaban! ¡Resulta que Hanako-san en la Academia Kamome… es un niño!

La serie se centra en Makoto Shiranui, un chico que viaja a Tokio para convertirse en el aprendiz de Mamoru Hoshisato, un mago famoso en todo el mundo y amigo de sus padres. Desde que había visto un espectáculo de Mamoru y su esposa Maeve, había soñado con ser un mago y gracias a la amistad de sus padres y los magos, Makoto es amigo de la infancia de Kana (apodada Hatena e hija de Mamoru y Maive). En el presente, Tokio sufre una ola de robos por parte de una bella ladrona, pero Makoto decide ir porque se siente tranquilo al estar cerca de Hatena. Sin embargo, cuando llega a la residencia Hoshisato, una mansión encantada, se percata que su relación con Hatena ha cambiado.

En el año 2043, se lanzó Infinite Dendrogram, el primer VRMMO de inmersión completa y el más exitoso del mundo. Además de su capacidad para simular perfectamente los cinco sentidos, junto con sus muchas otras características sorprendentes, el juego prometió ofrecer a los jugadores un mundo lleno de posibilidades infinitas. Casi dos años después, Reiji Mukudori, estudiante de primer año de la universidad, pronto será capaz de comprar una copia del juego y comenzar a jugar. Con la ayuda de su experimentado hermano mayor, Shu, y su compañero Embryo, Reiji se embarca en una aventura en el mundo de Infinite Dendrogram. ¿Qué descubrirá y encontrará en este mundo de juegos conocido por su increíble realismo y sus infinitas posibilidades?

La historia de rugby universitario la protagonizará Natsusa Yuzuki, quien espera llegar a ser el as del equipo de rugby al llegar a la universidad. Sin embargo, cuando comienza la universidad ya no puede jugar a rugby debido a ciertas circunstancias. Ibuki Ueoka es un estudiante mayor que él que dejó el rugby en su momento, mientras que Yasunari Tsuru es un estudiante más joven que desprecia por completo a Natsusa. Yu Mashiro es un estudiante joven que admira y sigue a Natsusa, mientras que Seiichiro Shingyo es un viejo amigo de Natsusa y con quien tiene gran amistad. Todos juntos competirán en la liga universitaria de rugby.

Es el año 305 en el calendario Alciano, y el mundo está controlado por los números. Cada humano nace con un “Count”, que podría indicar cualquier cosa, desde el número de kilómetros que te suman por caminar o algo tan arbitrario como las veces que otras personas han degustado tu comida. No importa lo que signifique, pero si el “Count” llega a cero… ¡serás mandado al Abyss! Después de que el Count de la madre de Hina llegara a cero, su última petición para Hina fue para que buscara al legendario As.