En su primer día asistiendo a la Preparatoria Privada Itan, Shouko Komi inmediatamente recibe una abrumadora atención y popularidad debido a su estoica belleza y refinada elegancia, por lo que sus compañeros la perciben como una diosa. Sin embargo, solo Hitohito Tadano, un estudiante promedio asignado al asiento junto a ella en clase, es capaz de descubrir que detrás de lo que todo el mundo cree, en realidad Komi tiene un serio problema para comunicarse con los demás. Tadano decide entonces ayudarla a cumplir su sueño de hacer cien amigos.
Fuyuzora Kogarashi tiene habilidades espirituales, y ha sido poseído por fantasmas desde que era un niño. Esto ha causado un montón de problemas en su vida, pero ahora ha aprendido a luchar contra los malos espíritus. Por desgracia, él ahora es muy pobre, no tiene hogar ni la esperanza de una vida feliz, más normal e ir a la escuela secundaria. En su búsqueda de una vivienda, encuentra un casa de huéspedes muy barata llamada Yuragi-sou, que anteriormente era un lugar popular de aguas termales. Es tan barato el alquiler porque allí habita un espíritu de un estudiante de secundaria cuyo cadáver fue encontrado allí. Kogarashi no cree que esto vaya a ser un problema para él, ya que el resto de sus inquilinos son mujeres atractivas. Mientras se relaja en las aguas termales, encuentra un problema; El fantasma de Yuragi-sou es una chica de 16 años llamada Yuuna, que vive en su habitación. Kogarashi no tiene ningún deseo de hacerle daño a una chica fantasma, y en su lugar termina por aceptar ayudarla a poder pasar a la otra vida antes de caer en el mal e ir al infierno. Una vez que está bien con Yuuna, los otros inquilinos revelan sus propios secretos sobrenaturales, y así su vida en Yuragi-sou va a ser lejos de ser algo normal.
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