Nanako Yukishiro es una joven que solo puede comunicarse con los demás usando senryu, un estilo de poesía similar al haiku pero más orientado el humor. Eiji Busujima es un chico con aspecto intimidante pero que es miembro del club de literatura. La historia nos muestra las interacciones de esta peculiar pareja a base de versos de 17 sílabas.
La serie está ambientada en un mundo en que las “Bestias” han llevado a los seres humanos a la extinción. El deber de luchar contra las Bestias está en manos de las “Hadas”, que están destinadas a usar su poder para empuñar “Espadas Sagradas” llamadas “Kariyon” y, con el tiempo, encontrar la muerte. Un único ser humano, llamado Willem, despierta después de varios cientos de años, y continúa la batalla contra las Bestias. La serie cuenta la vida diaria y las efímeras vidas del líder Willem y las hadas guerreras.
La historia se desarrolla en Tokyo, durante el año 2039, 10 años después que un virus llamado ?Lost Christmas? atacase Japón, que ahora se encuentra controlado por la organización de varias naciones llamado GHQ. Ohma Shu tiene 17 años y tiene poderes especiales, la Habilidad del Rey, con el que suele tomar armas y herramientas de sus amigos. Aunque ha estado evitando meterse en problemas, eso cambiará cuando conozca a una chica llamada Yuzuriha Inori,miembro de la resistencia.
Decidido a convertirse en un Magister Magi (Mago Maestro). Y tras 7 años de estudios y entrenamiento en la escuela de magos, llega la prueba final, el último y más duro examen para llegar a ser un gran Magister Magi. El maestro instructor reparte a cada aspirante sus destinos y su misión que deberán cumplir. Y a Negi le corresponde ser profesor de inglés en la escuela Mahora en Japón, una escuela femenina. Además deberá tener cuidado de que nadie descubra que es un mago ya que podría suponer que le convirtieran en comadreja. Y así es como un niño de 10 años, nacido en Gales, con poderes mágicos y un nivel de inteligencia equivalente al de la universidad, se convierte en profesor de una clase de 31 alumnas de secundaria (entre 14 y 15 años), que lo tratan más como un juguete que como un profesor.