En un mundo cubierto de arena, un joven llamado Chakuro vive en la enorme nave conocida como Ballena de Barro que viaja por el mar de arena. Chakuro y sus amigos nunca han conocido a nadie del mundo exterior, y pasan sus días soñando con cómo sería saber más de él. Un día se encuentran con una isla a la deriva en cuyo interior Chakuro conoce a una chica.

En Agosto del año 20XX, un portal hacia un mundo paralelo conocido como “Gate”, aparecer repentinamente en Ginza, Tokio. Tropas de monstruos salen del portal y convierten al distrito comercial en una infierno sangriento. La Fuerzas de Defensa Japonesa toman rápidamente acciones y logran devolver las criaturas al Gate. Para facilitar las negociaciones y prepararse para las futuras peleas, se envía a un equipo de reconocimiento hacia la el otro lado del portal. Youji Itami, un soldado del ejercito japones y otaku de 33 años es seleccionado como el líder de la tropa de reconocimiento, en donde la tropa no solo conocerá a los pobladores y series de este nuevo mundo, también realizaran labores humanitarias en donde Youji conocerá a una elfa, una maga y una semi-diosa. Mientras que en en el aspecto internacional, las Super-potencias buscan una oportunidad para “explorar” el nuevo mundo.