Los estudiantes de la clase 3-E tienen una misión: asesinar a su profesor antes de la graduación. Él ya ha destruido la luna, y prometió destruir la Tierra si no es asesinado dentro de un año. Pero, ¿cómo podrá esta clase de inadaptados asesinar a un pulpo extraterrestre, capaz de alcanzar la velocidad Mach 20, y que quizás ha sido el mejor profesor que han tenido?
La trama se produce en un instituto dirigido a la fuerza por la presidenta del consejo de estudiantes Satsuki Kiryuuin. Todo cambiará cuando Ryuuko Matoi, una estudiante de transferencia que empuña una gran espada con forma de tijera “Basami”, comience a provocar un levantamiento en el campus.
Madoka, es una chica ordinaria de segundo año de la Tercera Secundaria; un dia, una chica llamada Homura que luce exactamente como ella aparece en sus sueños se trandirio a su escuela. Desde ese encuentro con una chica milagrosa,, Madoka tiene que estar en contra de su nuevo destino como una chica mágica.
La humanidad es obligada a vivir bajo la superficie pasando asi muchos siglos, llegando a olvidarse y convirtiendo en una leyenda la vida en la superficie. Asi se crean pequeñas colonias excavando por distintos lugares y tratando de escapar de los terribles terremotos. En una de esas colonias vive Simon, uno de los mejores excavadores, que en unos de los agujeros encuentra una extraña llave en forma de torno. Si bien todos se mofan de Simon por ser muy raro y de poca autoestima, el único que lo respalda siempre es Kamina quien lo invita a ir hacia la superficie. Por supuesto el Jefe de la colonia prohibe esta acción que se supone que es tabú para la gente y encierra a Kamina. En una excavación nocturna, Simon encuentra esta vez un mecha en forma de cara y corre hacia Kamina para mostrárselo, pero de repente un enorme robot con forma de cara cae desde la superficie y al igual una misteriosa chica que lo ataca con su rifle.
Simon, Kamina y la chica (Yoko) tratan de escapar y Simon los conduce a su descubrimiento, ahi le dice a Kamina que lo maneje para derrotar al robot sin embargo, Kamina le responde que esa mecha le pertenece y por lo tanto él debería manejarlo... entre idas y vueltas los 3 entran en la cabeza y ante un impulso de Kamina junto con la ayuda de Yoko, Simon logra de algún modo derrotar a la enorme cara; no solo eso sino que son explusado hacia la superficie...Alli Simon y Kamina descubre un maraviloso mundo para ellos pero también se encuentra con la sorpresa de que en la superficie un grupo de Ganmen (Mechas con forma de cara) que atacan a los humanos que suben a la superficie
15 años atrás un mago muy poderoso llamado Dark Schneider con ayuda de sus compañeros; Gara, Karls y Arshes-Nei, haciendose llamar ?los jinetes del Apocalipsis?, intentaron conquistar el mundo e instaurar una sociedad utópica, pero fueron derrotados y Dark Schneider fue sellado en el cuerpo de un niño por un sacerdote llamado Gio Noto Soto. Pasados estos 15 años los antiguos aliados de Dark Schneider se volvieron a reunir, esta vez unidos a un malvado hechicero llamado Abigail, los jinetes del Apocalipsis cabalgaban de nuevo, pero con un objetivo mucho mas oscuro que el anterior, resucitar a Anthrathax, la diosa de la total destrucción.
La historia se centra de alrededor de un joven llamado Parn, el hijo de un deshonroso caballero. Parte de esta motivación de aventurarse es encontrar que pasó con su padre, y restaurar el honor de su familia. A pesar de su inexperiencia, Parn es considerado el lider, quien esta acompañado por su mejor amigo un niño del bosque llamado Etoh, su amigo y a veces aconsejante Slayn (y más tarde en la amante de Slayn, Leylia), y su recién mentor Ghim. Son acompañados por el interés romántico de Parn, la alta elfa Deedlit, quien viene del Bosque sin Retorno buscando una solución para el aislacionismo de su gente y un final para la extinción. A lo largo de la serie, Parn entra en contacto con sus amigos y con sus enemigos por igual. Sus aliados incluyendo el rey Kashue, Fahn, Shiris y Orson; sus enemigos incluyendo el emperador Beld, Ashram y el malvado necrofago Wagnard.