Año 2205. Los “revisionistas históricos” han comenzado a lanzar ataques al pasado como parte de su plan de cambiar la historia. Los Saniwa, quienes están al cargo de proteger la historia, pueden imbuir vida a los objetos. Los más fuertes entre ellos son los Token Danshi. Esta historia nos muestra sus animadas vidas.

Esta “nueva forma de animación de suspense y pánico” comienza cuando misteriosos monstruos aparecen de repente en un tiempo actual y atacan a humanos. El científico Sousuke Banba persigue la verdad con la palabra clave “Kagewani”, que literalmente se traduce como “cocodrilo sombra”.

Yato es un dios menor cuyo sueño es tener una gran cantidad de seguidores que lo adoren y recen plegarias por él. Desafortunadamente, su sueño está lejos de hacerse realidad, ya que no tiene ni siquiera un solo santuario dedicado a él. Para empeorar las cosas, la única socia que tenía para ayudar a resolver los problemas de la gente acaba de renunciar. Su divina suerte sólo podría cambiar cuando se tropieza con Iki Hiyori, quien le salva la vida. Este hecho deja a Hiyori en un buen lío también, por lo que se quedará a su lado hasta que su problema se resuelva. Junto a Hiyori y su nuevo socio Yukine, Yato hará todo lo que pueda para ganar fama, reconocimiento y sólo tal vez, una capilla dedicada a él también.

En el período de la larga guerra civil en Japón, el territorio está dividido en distintas provincias con un régimen semi-independiente de gobierno, regidas por los señores feudales que se enfrentan unos a otros en una lucha interminable por el poder y conquistar territorios. Estos señores de la guerra se alzaron en todos los rincones del archipiélago, creando una situación de guerra continua. Algunos de los líderes que se enfrentaron fueron: Takeda Shingen y Sanada Yukimura en Kai, Uesugi Kenshin en Echigo, Azai Nagamasa en Oumi, Honda Tadakatsu y Tokugawa Ieyasu en Mikawa, etc. Peero, un hombre parece estar a solo un paso de establecer un control total sobre el país, el Sexto Rey Demonio, Oda Nobunaga de Owari. Sin embargo, aparece un nuevo personaje en el escenario del conflicto, Date Masamune, el ?Dragón de un solo Ojo?, un joven general de las provincias del Norte. Sus objetivos son claros, la cabeza de Oda Nobunaga y conseguir el control por el clan Date.

La historia de Gintama nos sitúa en un Japón sometido por unas criaturas alienígenas conocidas como Amantos. Gracias a estos el país goza de avances tecnológicos desmedidos, pero a la vez la especie humana ha sido desprendida de la autoridad de velar sobre su propio planeta. Para evitar revuelas bélicas se ha prohibido por completo el uso y porte de espadas en cualquier circunstancia por parte de los terrícolas,pero aun así en esta nueva era hay personas que se mantienen fieles a sus creencias y convicciones antañas como es el caso del protagonista, Gintoki. Gin, junto con otros dos igualmente estrambóticos personajes crean una tienda conocida como la Yorozuya, en donde se dedican a realizar cualquier tipo de trabajo que se les presente, pero al final rara vez logran obtener algo de dinero decente y tienen problemas incluso para pagar el alquiler del piso.

Cuando la madre de Clare muere, ella, su padre y pequeño hermano, se mudan a la ciudad en la cual se crió su madre. Allí ella estudiara en la misma escuela a la que acudió su madre cuando era niña (la escuela nueva, por que su madre fue a la vieja escuela). Lo que Clare no sabe es que, su familia materna posee una habilidad especial la de luchar contra fantasmas y detener a los fantasmas malignos, habilidad que ella heredó. Por desgracia, al morir la madre de Clare, un árbol sagrado en el que la madre de Clare había encerrado a los fantasmas es tirado, así los fantasmas que antes su madre había capturado son liberados gracias a el poder psíquico de Clare; al darse cuenta de esto, la protagonista busca consejo de su madre a través de un diario que ella llevaba a la escuela y descubre que, donde antes había páginas en blanco, ahora había información escrita sobre todos y cada uno de los espectros con los que se enfrentará en el transcurso de la serie.

La historia se situa en una ciudad japonesa cuyo nombre no es mencionado, un mes después de que un pilar de luz apareció en la oscuridad de la noche cinco años antes de una serie de asesinatos. Boogiepop Phantom contiene una gama de personajes, en su mayoría estudiantes de escuela secundaria, que son testigos del incidente y sus consecuencias. Al momento de la serie, los estudiantes de esta escuela comienzan a desaparecer y se culpa a Boogiepop por esto, quien, según una leyenda urbana, es la personificación de la Muerte.