Los chicos sueñan con poder volar algún día por el infinito cielo, aunque son dolorosamente conscientes de cuán lejos está el cielo más allá del cristal que les impide salir volando. En un futuro distante la humanidad ha creado Plantation, una ciudad fortaleza móvil construida sobre las ruinas del mundo y en la que ha florecido la civilización. En la ciudad hay barracones especiales para pilotos llamados Mistilteinn, aunque popularmente se los conoce como "jaulas de pájaros". Allí es donde viven estos chicos... sin saber nada del mundo exterior, sin poder sentir nunca el enorme cielo. Su única misión en la vida siempre fue luchar. Sus enemigos son los misteriosos organismos gigantes conocidos como Kyoryu, a los cuales enfrentan con los robots llamados FRANXX. No saben hacer otra cosa y no se lo plantean, pues creen que este es su propósito único en la vida. entre ellos está un niño al que en su día consideraron un niño prodigio: Código 016, Hiro. Sin embargo, ahora es un fracaso y se lo considera innecesario. Quienes no pueden pilotar un FRANXX es como si no existieran. Un día aparece ante Hiro una chica llamada Zero Two y de su cabeza surgen dos cuernos. "Te encontré, cariño mío"

Yoshiko Hanabatake es una chica... ¿normal? No mucho, porque en realidad es tonta, extremadamente tonta. Su pasión son las bananas, aunque también siente un gran apego por su amigo de la infancia, Akkun. ¡Y no hay más! Sus tonterías convertirán en una locura la vida de su amigo y de todos sus compañeros.

Después de derrotar a Majin Buu, la vida vuelve a ser tranquila una vez más. Goku vuelve a trabajar otra vez ya que Chichi le ordena que gane dinero, aunque él quiere seguir entrenando. Mientras, Goten, a punto de convertirse en cuñado de Videl, se embarca en un viaje con Trunks para encontrar un regalo para ella.

La vida de Tomoya Aki, un otaku de preparatoria que trabaja a medio tiempo para rellenar su colección de BDs. Con bastante suerte, se encuentra primero con Megumi Kato, la chica más hermosa que había visto. Naturalmente, el encuentro convirtió sus vidas en un complicado flujo de relaciones. Eriri Spencer Sawamura, su media-extranjera amiga de la infancia, siempre ha valorado su relación con Tomoya. Kasumigaoka Utaha, una fría, y renombrada genio de literatura que evita a todos menos al protagonista. ¿Qué es esto? ¿La introducción de un eroge? La historia de este pequeño círculo comienza a través del viaje a los territorios del Comiket y más allá.

La historia se acontece a mediados del siglo 21 cuando debido al calentamiento global Tokio se ha convertido en una ciudad tropical.Para reducir la temperatura del centro de la cuidad en 5ºC, se planea reforestar la ciudad entera convirtiéndola en la ciudad bosque más grande del mundo. Sin embargo, a pesar de la afluencia de refugiados a la nueva ciudad de Atlas, no hay muchos residentes que realmente puedan vivir ahí, y aun más, guerrillas antigubernamentales tratan de detener la reforestación.