Han transcurrido varios años desde The Fruit of Grisaia...
Lo que en su día fue la Academia Mihama, un santuario para jovencitas, se ha transformado en una academia de entrenamiento de la SORD (Special Organization for Research & Development), dedicada a forjar nuevos talentos con miras a la defensa nacional. Rena y Maki son especialistas en armas de fuego, Tohka y Gumi destacan como francotiradoras, Chris se encarga de los explosivos y del procesamiento de datos, y Murasaki es una ninja experta en operaciones de inteligencia. Juntas, se hacen cargo de casos demasiado complejos para la policía o las Fuerzas de Autodefensa, enfrentándose a menudo a misiones muy peligrosas.
Esta es la historia, teñida de sangre y pólvora, de estas jóvenes.
El espíritu Hanako y su ayudante humana, la estudiante de primer año Nene Yashiro, mantienen la paz entre las fuerzas sobrenaturales y los estudiantes de la Academia Kamome. Cuando no están luchando por mantener el equilibrio entre el mundo de los vivos y el de los espíritus, ¿cómo pasan el tiempo? Únete a Hanako y a Nene en sus aventuras después de clase.
Nasa, a petición de su antigua profesora de preparatoria, se encuentra enseñando programación en una escuela exclusiva para chicas. Rodeado de la energía adolescente, lucha por mantener la calma mientras se siente nervioso en su interior. Con un novio caprichoso y secretas admiraciones, Nasa se enfrenta a dilemas románticos que van más allá de la programación. ¿Podrá descifrar la ecuación del amor?