El protagonista de Persona 5 tiene antecedentes penales, algo que marca su día a día incluso tras mudarse a Yongenyaja, barrio cercano a la metrópolis de Shibuya en Tokio. En el instituto Shujin también lo tendrán fichado como “chico problemático” pero, para su desgracia, se verá envuelto en un incidente que puede conseguir que lo expulsen del centro. Al mismo tiempo, el protagonista y otro compañero implicado, Ryuji Sakamoto, se ven transportados al mundo del subconsciente gracias a una misteriosa aplicación de navegación que aparece en sus móviles y allí conocerán a Morgana, un extraño ser con forma de gato que dice haber perdido sus recuerdos, y conseguirán la habilidad de invocar Personas. Desde este mundo del subconsciente, los tres junto a la ayuda de An Takamaki, otra compañera del instituto, tendrán que robar el tesoro del Palacio creado por el subconsciente del verdadero culpable y así hacer que admita su culpabilidad en el mundo real. Este será sólo el inicio de los llamados ladrones fantasma de corazones, quienes prometen limpiar el mundo de los adultos corruptos.

La historia está protagonizada por Sora y Shiro, hermano y hermana, que son muy famosos en todo Internet como NEETs y hikikomoris que se pasan el día jugando a videojuegos, tanto que son una leyenda. Los dos consideran el mundo real como “un juego malo”. Un día, un chico llamado “Dios” les invoca a otro mundo. Allí, Dios ha prohibido las guerras y declara que en el mundo todo se decidirá mediante juegos, incluso cuáles serán las fronteras entre países. La humanidad se ha visto reducida a una sola ciudad debido a que el resto de razas le han ido quitando todo el territorio. Shiro y Sora tendrán que ser los salvadores de la humanidad en este mundo alternativo.