La historia de la serie se desarrolla en una institución de investigación robótica situada cerca de la famosa Represa de Kurobe de la Prefectura de Toyama en verano de 2016. Durante la construcción original de la presa se descubrió un antiguo artefacto, con lo que se creó el Instituto de Investigación de Kurobe de las Naciones Unidas para su estudio. Intelectuales de todo el mundo se reunieron en el lugar para estudiar el objeto, y los hijos de esos intelectuales dan clases en un instituto especial en el Monte Tate, incluyendo la hija del director del instituto. La historia dará comienzo cuando cierto samurái solitario despierte de nuevo.

Segunda parte de Gate: Jieitai Kanochi nite, Kaku Tatakaeri

En un mundo en el que los humanos con poderes están cerca de ser aniquilados, los combates se libran con armas de fuego, relegando el uso de espadas al pasado. El protagonista de la historia, Takeru Kusanagi”, es un estudiante de la Academia AntiMagia, un centro en el que se forma a los Inquisidores de Herejes que cazarán a los magos en el futuro. Takeru es incapaz de usar una pistola y debe defenderse con espadas, por lo que es relegado al 35º pelotón de pruebas, también llamado “pelotón de moscas” por la debilidad de sus miembros. Sin embargo, Ouka Ohtori, una pistolera de élite que ya podría estar cazando magos, decide unirse a ese pelotón.

La historia está ambientada en el año 2027. Shun Hao Xuan es un adolescente común y corriente que planea vivir su vida tranquilamente y sin grandes metas. Pero todo eso cambia cuando un día es secuestrado por unos terroristas. Todo parece perdido cuando es elegido para ser el primero en ser ejecutado, pero milagrosamente es salvado por una extraña chica... Liu Li es un formidable Vanguard que se retirará en 380 días. Sin embargo, ella recibe una última misión ...

En Agosto del año 20XX, un portal hacia un mundo paralelo conocido como “Gate”, aparecer repentinamente en Ginza, Tokio. Tropas de monstruos salen del portal y convierten al distrito comercial en una infierno sangriento. La Fuerzas de Defensa Japonesa toman rápidamente acciones y logran devolver las criaturas al Gate. Para facilitar las negociaciones y prepararse para las futuras peleas, se envía a un equipo de reconocimiento hacia la el otro lado del portal. Youji Itami, un soldado del ejercito japones y otaku de 33 años es seleccionado como el líder de la tropa de reconocimiento, en donde la tropa no solo conocerá a los pobladores y series de este nuevo mundo, también realizaran labores humanitarias en donde Youji conocerá a una elfa, una maga y una semi-diosa. Mientras que en en el aspecto internacional, las Super-potencias buscan una oportunidad para “explorar” el nuevo mundo.

Una puerta hacia otra dimensión se ha abierto, y desde ella emergen gigantescas e invencibles criaturas que amenazan a toda la humanidad. ¡La única defensa de la Tierra es un misterioso grupo de guerreros que han cooptado la tecnología alienígena para poder luchar contra ellos!

Kenji Masaki, un muchacho de 15 años, es invocado a un mundo llamado Gemiar, el cual es un lugar en donde han existido peleas interminables contra replicas de armas llamadas Seikishi (humanoides), encontrados en antiguas ruinas.

Una organización llamada Chronos gobierna en las sombras a gran parte de los políticos y las actividades económicas en busca del orden. Sus miembros asesinan sin piedad a todo lo que vaya mal o se oponga a ellos. La historia comienza cuando Train, conocido como Black Cat, uno de los asesinos más poderosos de la organización conoce a una extraña mujer que siempre viste un kimono llamativo y ablanda su corazón. Entonces decide no volver a recibir órdenes de nadie ni matar sin motivo y abandona la organización siendo perseguido por esta. Entonces conoce a Sven un caza-recompensas muy peculiar y comienzan a trabajar como caza-recompensas junto a él y a la niña que este cuida, una misteriosa niña con poderes sobrenaturales basados en la nanotecnología y creada artificialmente.

Sakura es la princesa del país de Clow, reinado por su hermano Touya. Su mejor amigo es Syaoran, un joven arqueólogo. Un día, una presencia misteriosa llama a Sakura hacia unas ruinas, donde unas alas crecen en su espalda. Syaoran consigue rescatarla, pero sus alas se transforman en plumas que son esparcidas a través de distintas dimensiones. Entonces, es revelado que las alas eran la manifestación del alma y las memorias de Sakura y que sin ellas morirá. Así que Syaoran visita a Yuuko, la bruja dimensional,y junto al guerrero Kurogane y el mago Fye, consigue el poder para poder cruzar dimensiones al azar a cambio de los bienes más preciados de los tres: la espada de Kurogane, el tatuaje de Fye y los recuerdos de la relación de Sakura y Syaoran. Yuuko entonces les entrega a una pequeña criatura blanca llamada Mokona, quien les permite visitar otros mundos y así poder recuperar las plumas de Sakura.