Cuenta la historia de amor de Kotoko Aihara y Naoki Irie, desde sus duros días de estudiantes de instituto hasta después de su matrimonio. La historia comienza cuando el padre de Kotoko al fin termina de construir una casa que resultó ser inestable, puesto que se derrumbó finalmente, a la vez que Kotoko daba una carta de amor al chico que le gusta, Naoki, pero obtuvo un rechazo en el pasillo del instituto frente a sus compañeros. Después de la humillación del momento, ella decide olvidarse de él. Entonces es cuando la casa de los Aihara se derrumba, y en la miseria son acogidos por un amigo del padre de Kotoko. Cuando llegan a la casa Kotoko se da cuenta que el amigo de su padre realmente es el padre de Naoki y vivirán juntos bajo el mismo techo.

True Tears se envuelve en la historia de un muchacho llamado Shinichirō Nakagami que tiene una habilidad como dibujante. Vive con sus padres, y con una compañera de clase, Hiromi Yuasa, luego de que los padres de ella fallecieran. Shinichirō la conoce por años, pero siente que desde que ella vive allí, su actitud ha cambiado. En la escuela, conoce a una chica extraña llamada Noe Isurugi quien hace una "maldición". Poco después, se acercará a ella y entablarán una amistad. Shinichirō también suele estar la mayoría del tiempo con sus dos amigos de infancia Miyokichi Nobuse y Aiko Endō en la tienda de Imagawayakis de la familia de Aiko, y suele ayudarla también.