Tras el evento conocido como The Reflection, personas de todos los puntos del planeta comenzaron a manifestar superpoderes. La gran mayoría se convirtieron en villanos, mientras que unos pocos decidieron ser héroes. ¿Qué fue realmente The Reflection? ¿Qué lo provocó? Entre muchos misterios, el caos comienza a extenderse por el mundo.
La historia gira en torno a Nora Handa, un estudiante de secundaria cuya madre adopta a una chica menor que él llamada Shachi Yuuri. Shachi perdió a su madre y ya no vive con su padre, aunque a ambos los criaron bien. Por otro lado, Michi Kuroki es la amiga de la infancia, estudiante de honor y jefa del comité de moral pública del instituto de Nora. Michi también es amiga de Yuuki Asuhara, que actúa como una kogal pero es una chica confiable. Un día, mientras Nora va de camino al instituto, se encuentra con una chica llamada Patricia en un parque. Patricia dice ser la princesa del inframundo y ha venido a la superficie a destruir cualquier tipo de vida. Sin embargo, la primera vez que toca a alguien de la superficie se desmaya, y Nora termina cuidando de ella. Patricia le pide que le cuente los secretos de la vida, y el chico empieza hablándole sobre una revista para adultos que encontraron en el parque.
La historia gira en torno a una chica llamada Mimori que continuamente está enferma y sufre bullying. Después de un día lluvioso la chica no vuelve al colegio y es aceptada en una hospital de una ciudad lejana. Tras pasar dos meses, Mimori se hace amiga de Takashi y Kyouko y recibe una carta sin remitente en la que le avisan de un festival veraniego que tendrá lugar en una ciudad cercana
La historia tiene lugar en Koudo Ikusei, la escuela de prestigio por excelencia que cuenta con instalaciones de última generación en las que casi el 100% de los alumnos pueden ir a la universidad y encontrar trabajo. En ella los estudiantes tienen la libertad de llevar el peinado que quieran y de traer todos los efectos personales que deseen. Koudo Ikusei es una escuela paradisíaca, pero lo cierto es que sólo los alumnos “superiores” son bien tratados. El protagonista Kiyotaka Ayanokouji pertenece a la Clase-D, aquella en la sólo están los estudiantes “inferiores” que son ridiculizados por el resto de la escuela. Por alguna razón, Kiyotaka se despistó en sus exámenes de ingreso y terminó ahí. Sin embargo, después de conocer a Suzune Horikita y Kikyou Kushida, otros dos estudiantes de su misma clase, la situación de Kiyotaka comienza a cambiar.
Yuma es una estudiante de segundo de preparatoria/instituto que disfruta de la vida con su primer novio. Lo logró gracias a los consejos de su buena amiga Hotaru, quien ha tenido muchos novios, pero poco a poco los consejos para que la ayude con su nuevo novio deriva en que ambas experimenten cosas que con sus novios no pueden experimentar. Esta relación secreta entre Yuma y Hotaru comienza a subir de nivel poco a poco, y Yuma acaba viéndose incapaz de negar lo que siente cuando está con Hotaru. Las dos chicas continuarán con su relación mientras mantienen las que tienen con sus novios.
Las mentiras están prohibidas. El amor está incluso más prohibido. En Japón, en un tiempo no tan lejano, tu futuro esposo o esposa es seleccionado por el gobierno a los 16 años de edad. Yukari Nejima es un joven de 15 años que vive en una esquina de Japón y no ha hecho nunca nada por sí mismo. Sus notas no son nada del otro mundo. Sin embargo, esconde en su corazón un apasionado amor. En un mundo donde amar no está permitido, ¡¿qué será del destino de este joven enamorado?!
Una historia dirigida a todos aquellos que como estudiantes sufrieron, lloraron, rieron o se ilusionaron con el amor. Tanto si el amor consigue abrirse paso como si no, las experiencias que surgen de él en la adolescencia son una parte importante de la juventud. Aquí cada personaje es su propio protagonista, y todo espectador encontrará alguno con el que identificarse.
Fate/Apocrypha tiene lugar en un mundo paralelo a Fate/Stay Night, donde el Santo Grial fue alejado de ciudad Fuyuki tras la Tercera Guerra. Una serie de sucesos marcarán el comienzo de una nueva Guerra Santa por el Grial en Trifas. Dos bandos se enfrentarán la “Facción Negra”, con miembros de Yggdramillennia y la “Facción Roja", con miembros de la Asociación de Magos y un miembro de la Iglesia.
En un mundo en el que youkais y humanos pueden coexistir e incluso enamorarse entre ellos, muchos youkais ven como sus humanos amados mueren antes que ellos debido a que tienen una esperanza de vida mucho más corta. Cuando un humano renace, los recuerdos de su vida anterior desaparecen, pero entre los youkai se ha hecho cada vez más popular el rumor de la existencia de cierto "servicio" especial para evitar eso. Este "servicio" lo proporcionan los Fox Spirit Matchmakers, quienes pueden hacer que el ser amado de cualquier youkai recupere sus recuerdos de su vida anterior y así continuar juntos con su amor. Esta es la historia de un joven Fox Spirit Matchmaker que intenta hacer feliz a la gente y difundir el amor ayudando a recuperar recuerdos perdidos.
